白質並不是無毒的標準，能被降解成氨基酸也不是無毒的標準。
——王月丹；北京大學醫學部免疫學系副教授
認為Bt毒蛋白安全的專家認為，Bt蛋白是自然界中本來就存在的，蘇雲金芽孢桿菌的存在比人類的出現還早，是和其他生物協同進化的，因此是無害的。
而質疑Bt毒蛋白的人士則認為，當蘇雲金芽孢桿菌天然分佈於自然界中時，對周圍的其他菌或者生物，造成的影響是可以平衡的。如同大草原上的角馬、斑馬、獅子、鬣狗等動物，它們都是協同進化，維持在一定數量。如果獅子太多，把角馬吃完了，獅子也照樣玩完；獅子太少，角馬過多，整個草原同樣無法延續。Bt蛋白也是同樣道理，自然界中的蘇雲金芽孢桿菌一直維持在一定的數量，整個生物系統才處於一種平衡狀態。當我們採用基因工程技術改造蘇雲金芽孢桿菌以後呢？ Bt蛋白就會超量散佈於自然界中，這勢必會打破原有的生態平衡。改造過的Bt是否是“蝴蝶的翅膀”？是否會影響整個生態系統？目前還無法下定論。但是生態系統從一個穩定的平衡被打破，到建立一個新的穩定平衡，期間必然出現矛盾衝突。
質疑轉基因生物的人士還指出，轉基因過程中為了知道基因的轉入是否成功，要用抗生素進行標記，而抗生素的濫用會對人體產生危害。用老百姓最通俗的話來講，原來打一針就可以治的病現在打幾瓶點滴也不管用。另外，轉基因食品還被質疑可能增加人們食物過敏的風險。食物過敏不是新鮮事兒，有的人吃海鮮過敏，一吃海鮮就拉肚子，有的人酒精過敏，一喝酒就起疹子，而轉基因食品是否會增加食物過敏的風險？
Bt蛋白作為生物殺蟲劑已安全使用70多年；與已知致敏原蛋白氨基酸序列無相似性，不會引起過敏反應。（農業部農業轉基因生物安全管理辦公室：《農業轉基因技術與生物安全問答》，見農業部網站，2010316。）
同源性就是說有相同的祖先，農業部的一些專家認為，只要Bt蛋白與已知的過敏蛋白老祖宗不同，就不會引起過敏反應。而目前人類知道的過敏原很少，食物只知道30種，正是因為對食物過敏的不瞭解，才使得有的人吃普通的食物引起嚴重的過敏反應甚至死亡。而Bt蛋白中的一種，儘管與已知的過敏原老祖宗都不同，但還是被發現可以引起人類的過敏。美國環境部、歐洲科研機構等紛紛檢測到了Bt蛋白導致人類過敏的可能性。（參見《轉Bt基因玉米中外源蛋白的安全性評價策略及挑戰》（國外醫學衛生學分冊），2005年32卷第2期，96頁。） 。 想看書來
毫無危害還是風險尚存？（7）
轉基因食品的動物試驗結果究竟如何？
以上的爭論對於普通消費者來說也許過於專業，但拋開陌生而拗口的專業術語，卸下各種被嚴格限定的試驗條件，藉助科學家和媒體的公信力，直接來看轉基因食品的動物試驗結果，大多數老百姓還是能夠明白的。但是令人更加感到迷惑的是，這些試驗竟然呈現出完全不同甚至相互矛盾的結果。
研究人員用純Bt蛋白對抵抗力很弱的小鼠進行灌胃，劑量達每千克小鼠體重灌注5克純Bt蛋白，沒有發現中毒、過敏、體重異常、臟器病變。每克轉基因稻米含Bt蛋白不超過微克，按小鼠灌胃劑量折算推知，一個體重60公斤的人吃掉120噸稻米也不會發生中毒、過敏、體重異常、臟器病變。如果按每天吃500克稻米計算，一個人活上120歲，也只吃掉約20噸稻米，只及小鼠灌胃劑量的六分之一。（金微：《轉基因大米安全爭議難消》，載《國際先驅導報》，20100305。）
——轉基因水稻的培育單位、華中農業大學作物遺傳改良國家重點實驗室
1997—1998年，英國科學家，世界著名基因研究專家普茲泰博士開展了一項試驗，用轉基因土豆來餵養小白鼠，這種土豆加入了凝集素——一種被認為天然無汙染，可以安全食用又可以防治蟲害的基因。普茲泰博士開始對這種轉基因土豆的安全性深信不疑，並認為自己的獨立研究將見證轉基因食品的光明前景。然而，試驗結果與他的預料相差得越來越遠……
1998年，普茲泰博士在電視上公開了他的研究成果：
食用了轉基因土豆超過110天的老鼠個頭比普通老鼠小很多，更讓人擔心的是，食用轉基因土豆的老鼠肝臟和心臟甚至腦部都比正常老鼠小，免疫系統更加脆弱。
他說：
有人向我們保證轉基因食品是