1926年3月20日，蔣介石製造“中山艦事件”，蓄意篡奪北伐軍領導權。章太炎在上海組織“反赤救國大聯合”，共同反對蔣介石篡權，章任該會理事。同年8月，章太炎應五省聯軍總司令孫傳芳、江蘇省長陳陶遺之請，到南京任“修訂禮制會會長”。13日，章通電全國，再次反對蔣介石組織北伐。
張中行在《章太炎》一文中回憶章太炎講課：“現在只記得最後一句是：‘也應該注意防範，不要趕走了秦檜，迎來石敬瑭啊！’其時是‘九一八’以後不久，大局步步退讓的時候。話雖然以詼諧出之，意思卻是沉痛的，所以聽者都帶著憤慨的心情目送老人走出去。”
1932年，日本侵略上海，章太炎盛怒之下，北上會見張學良，要求其積極抗日；章在燕京大學演說，號召青年起來拯救國家的危亡。次年2月，章太炎與馬相伯發表聯合宣言（史稱“二老宣言”），反對日本帝國主義侵佔我國東北領土。
章太炎晚年，外患日亟。他在講學時宣講“行己有恥”，議論時政。蔣介石知道後，讓章的金蘭兄弟張繼出面，勸章說：“大哥當安心講學，勿議時事。”章太炎聽罷十分憤怒，他說：“吾老矣，豈復好摘發陰私以示天下不安？……吾輩往日之業，至今且全墮矣，誰實為之？吾輩安得默爾而息也？”“五年以來，當局惡貫已盈，道路側目。”
【立場】
1869年，章太炎出生於浙江餘杭的書香門第，祖父留下的藏書多達5000卷。到章太炎父親時，因太平天國戰亂，家勢開始衰微，因此章父非常注重對子女的教育，冀望能夠重振門楣。章父立下《家訓》，要求子女們不得對清廷卑躬相事，並希望子女們精研經史。1890年，章父彌留之際，一再叮囑家人：“吾家入清已七八世，歿皆用深衣斂，吾雖得職事官，未嘗詣吏部，吾即死，不敢違家教，無加清時章服。”所謂“深衣”，就是士大夫平時閒居在家時所穿的衣服，上衣和下衣裳相連。章太炎的祖輩，入清以來已經歷七八代了，但去世時從不穿戴清朝的衣服入殮，而是採“深衣斂”。
章太炎少時，受外祖父朱有虔啟導。其十一二歲時，朱為其講《東華錄》，說“夷夏之防不可不嚴”。章問：“以前的人有談過這種話沒有？”朱答：“王船山、顧亭林已經談過，尤其是王氏的話，真夠透徹，說道‘歷代亡國，無足輕重；只有南宋之亡，則衣冠文物亦與之俱亡了’。”章說：“明亡於清，反不如亡於李闖。”朱回答道：“現在不必作此說。如果李闖得了明的天下，闖雖不是好人，他的子孫卻未必都是不好的人，但現在不必作此說。”
章太炎曾作《逐滿歌》：
〖莫打鼓，莫敲鑼。聽我唱這逐滿歌。如今皇帝非漢人，滿洲清妖老猢猻。辮子拖長尺八寸，豬尾搖來滿地滾。頭戴紅櫻真狗帽，頂掛朝珠如鼠套。他的老祖努而哈，帶領兵丁到我家。龍虎將軍曾歸化，卻被漢人騎胯下。後來叛逆作皇帝，天命天聰放狗屁。他的孫子叫福臨，趁著狗運坐燕京。改元順治號世祖，攝政親王他叔父。叔嫂通姦娶太后。遍賜狗官嘗喜酒。可憐我等漢家人，卻同羊豬進屠門。揚州屠城有十日，嘉定廣州都殺畢。福建又遇康親王，淫掠良家象宿娼。駐防清妖更無賴，不用耕田和種菜。菜來伸手飯張口。南糧甲米歸他有。漢人有時欺滿人，斬絞流徙任意行。滿人若把漢人欺，三次殺人方論抵。滑頭最是康熙皇，一條鞭法定錢糧。名為永遠不加賦，平餘火耗仍無數。名為永遠免丁瑤，各項當差著力敲。開科誆騙唸書人，更要開捐驅富民。人人多道做官好，禮儀廉恥忘記了。地獄沉沉二百年，忽遇天王洪秀全；滿人逃往熱河邊，曾國藩來做漢奸。洪家殺盡漢家亡，依舊猢猻作帝王；我今苦口勸兄弟，要把死仇心裡記。當初清妖破南京，爾父被殺母被淫。人人多說恨洋人，那曉滿人仇更深。兄弟你是漢家種，不殺仇人不算勇。莫聽康梁誑爾言，第一仇人在眼前。光緒皇帝名載湉。〗
1904年，慈禧70大壽，章太炎寫下一副對聯以示諷刺，傳誦一時：“今日到南苑，明日到北海，何日再到古長安？嘆黎民膏血全枯，只為一人歌慶有；五十割琉球，六十割臺灣，而今又割東三省，痛赤縣邦圻益蹙，每逢萬壽祝疆無。”
《蘇報》案發生後，鄒容被捕並死於獄中。章太炎做詩紀念義弟，曰：“鄒容吾小弟，被髮下瀛洲，快剪刀除辮，幹牛肉作餱。英雄一入獄，天地亦悲秋。臨命須摻手，乾坤只兩頭。”
1906年7月15日，出獄後的章太炎來到日本。孫中山與東京留學生為其開歡迎會，到