會者兩千多人，由於地方太小，許多人只能擠在屋簷下或爬在窗臺上，以求一睹章太炎的風采。章在會上致辭說：“兄弟小的時候，因讀蔣氏《東華錄》，其中有戴名世、曾靜、查嗣庭諸人的案件，便心中發憤，覺得異種亂華，是我們心裡第一恨事。後來讀鄭所南、王船山兩先生的書，全是那些保衛漢種的話，民族思想漸漸發達。”
1898年，由《時務報》夏曾佑推薦，章太炎被張之洞招入帳下。章太炎想透過“依靠漢族督撫改變現狀”，欣然前往，並擔任《正學報》的編輯，撰文批駁康有為的今文經學理論。但不久他便發現，張之洞的“中體西用”只是為了在清朝體制下穩健變法，而張也只是利用他與康有為等人的分歧，打壓維新派時，章太炎徑直離去。
章太炎主張排滿，直呼滿清皇帝名諱，語氣十分蔑視，梁鼎芬的弟子朱強甫問章道：“你的祖宗不也有人作過清朝的官嗎？”章太炎答道：“那是為強暴所汙，不得以而為之！”
1899年，章太炎第一次流亡日本期間，結識孫中山。此次見面，章太炎被孫中山“當今中國不流血就不能推翻滿清王朝”的議論深深打動，連連叫好，稱其為“卓識”。1901年，章太炎割發明志，並撰《剪辮髮說》一文，寄給孫中山，此文隨後發表在《中國旬報》上。
章太炎在東吳大學講授中文課程，但他好對學生講民族大義，給學生出的論文是“李自成胡林翼論”，意思是滅亡了大明的李自成，也勝過苦心孤詣維護異族江山的胡林翼。
章太炎在日本發起紀念支那亡國會，清朝駐日公使蔡均得知後，大為驚恐，請東京警察部門下令解散此會。日本警察便傳訊章太炎等人，章等人“如約偕行，時著華服者只太炎和陳桃痴二人。太炎長衣大袖，手搖羽扇，頗為路人所注目”。日本警察問章等人是清國何省人？章回答：“我們是支那人，非清國人。”日本警察吃驚：“你在國內什麼階層？士族還是平民？”章回答：“遺民。”警察無奈，只好讓他回去了。（此處章太炎所謂“支那人”，乃是故意針對大清國的一種說法，和後來日本對我國的蔑稱不是一個意思；而他自稱“遺民”，則是指叛逆滿清統治的大漢遺民。）
中華民國成立前，曾開會商討國旗一事。孫中山提出用晴天白日旗，黃興主張用井字旗，袁世凱主張用龍旗，章太炎提議用首先光復南京的江浙聯軍的軍旗五色旗。章說：“紅、黃、藍、白、黑五色，代表我國漢、滿、蒙、回、藏五個民族，寓意五族共和。”於是，五色旗成為中華民國國旗，直至民國十六年改用青天白日旗。
民國建立後，章太炎強烈感受到南京臨時政府的軟弱無力，他提出的種種主張和方案不被採納。此事，他更希望儘早結束南北分裂的局面，共御外辱。最後，為了實現自己的政治抱負，權衡對比後，他將希望寄託在袁世凱身上。於是章太炎開始搖動手中的筆，為袁世凱搖旗吶喊，攻擊同盟會的革命黨人，罵他們是“鼠竊狗偷”的“群盜”。但當袁世凱如願上臺，並開始密謀稱帝時，梁啟超和章太炎等人才如夢方醒，悔之莫及。此時，章才認識到革命黨人必須重新聯合起來，於是主動找到孫中山、黃興等人，開始商討如何對付袁世凱的陰謀。
袁世凱上臺後，給了章太炎一個虛職：“東三省籌邊使”，並撥給他1萬元費用。章躊躇滿志，到吉林赴任，發表了《籌邊使告東北父老書》和《籌邊使四策》等文告。沒想到剛到東北便受冷遇，無人迎接不說，召見吉林西南道孟憲彝和長春知府德養源，二人竟不理會。章氣憤不已，找到吉林都督陳昭常說：“本使是國家堂堂官吏，他們被傳不到，就是目無本使，就是目無共和國家！”陳昭常知袁的用心，並不和章計較，對章恭敬如儀，好吃好喝招待，最終將章禮送出境了事。至此，章才若有所悟，對袁頗為失望。
當孫中山、黃興等人發動“二次革命”討伐袁世凱的時，章太炎已經和他們分道揚鑣了。在民國成立的初期，章太炎雖為革命元老，但他的意見得不到採納，故對原先的革命同志孫中山、黃興頗有不滿，他一直站在先是同盟會、後為國民黨的對立面。但出人意料的是，他對那個被造反的新軍士兵從床底下拖出來的黎元洪，一直都心生好感，無論政治風雲如何變換，他都鼎力支援黎，以至於有報社記者說：“章太炎先生的政見，無外乎‘總統非黎公不可’。”
章太炎在為劉成禺的《洪憲紀事詩》作序時，將袁世凱的洪憲解釋為：“袁世凱以明太祖建號洪武。滿清以太平軍為勁敵，其主洪也。武昌倡議者黎元洪，欲用其名以厭勝之，