色旗孫中山先生也贊成過，為什麼不可用。太炎先生為辛亥革命勝利，為五色旗的誕生，出過力，坐過牢，而沒有為國民黨旗效過什麼勞，因而用五色綢為他結爻，最為恰當。你們怕，責任由我來負。”
在北京，章門弟子馬裕藻、許壽裳、朱希祖、錢玄同、吳承仕、周作人、劉文典、沈兼士、馬宗薌、黃子通等人為老師舉行了追悼會。他們發《通啟》道：“先師章太炎發生不幸於本年六月十四日卒於江蘇吳縣，先生為革命元勳，國學泰斗，一旦辭世，薄海同悲。”
在上海，病重的弟子魯迅先後寫成《關於太炎先生二三事》、《因太炎先生而想起的二三事》紀念先師，後一文成後僅兩天，魯迅逝世。
章太炎的墓地選在抗清民族英雄張蒼水墓側，是章自己生前所選。章太炎被袁世凱軟禁時曾選擇葬在劉伯溫墓側。但1936年，當國難深重時，章太炎選擇了死後葬於張蒼水墓側。章太炎生前曾替《張蒼水集》作跋，對張蒼水推崇備至，曾嘆曰：“餘不得遭公，為執牧圉。”
但因抗戰爆發，國葬只好暫且擱置，章的家人南下逃難前，暫葬其於蘇州章家後花園。
1937年11月，蘇州淪陷，日軍闖入章家後花園，看見章太炎的墳墓，沒有墓碑，以為墓內埋財寶，一定要挖開看個究竟。章家留下守門的老家人苦苦勸止，但遭毒打。日本一位軍佐得知此為章太炎墓後，制止了日軍。這位軍佐幾日後還特來拜祭，並在墓旁立了一個木柱，上書“章太炎之墓”。從此，才沒有日軍前來騷擾。
1955年4月3日，在周恩來總理的關懷下，浙江省人民政府正式為章太炎舉行了安葬儀式。按照章太炎生前遺願，他的靈柩遷葬於杭州西湖邊上，南屏山麓，荔枝峰下，緊鄰張蒼水墓，墓碑上“章太炎之墓”幾個字是章生前自己寫就。
“文革”中，章太炎的墓也未倖免，“造反派”們將章墓掘開，取出棺槨，撬開棺蓋，將章的遺體（尚屬完好）拖出棄之於地，不久屍體就腐臭了。後來，章的遺骸被一位好心的園林工人草草埋于山腳下。
1976年後，中共中央為章太炎平反，認為章是中國近代史上傑出的愛國主義者。之後，為章太炎重修墓地，在墓塋落成前三天將剛找到的章太炎遺骨放入甏內，封口後葬入墓地新址。
【評贊】
黃侃評價乃師章太炎：文辭訓故，集清儒之大成；內典玄言，闡晉唐之遺緒；博綜兼擅，實命世之大儒。
陳獨秀的表弟濮清泉回憶：在日本留學期間，陳獨秀和章太炎也時常過往，陳獨秀很欽佩章太炎的“樸學”，認為他是一個“國寶”，而章太炎對陳獨秀的“小學（古文字音韻學）”也十分賞識，認他為“畏友”。陳獨秀說章太炎為人非常小氣，朋友向他借錢，償還時付息，他竟受之而無愧色；是一個嗜錢如命的人。在陳獨秀眼中，晚年的章太炎是“文人無行”的典型。
陳獨秀說：晚年的章太炎，後來給軍閥官僚寫墓誌、壽序一類的東西，一篇文章要五千至一萬銀圓的潤資，變得庸俗了。陳獨秀還說，章太炎儘管對我國文史有很深的造詣，但有他可笑的偏見，即章太炎認為甲骨文是宋朝人的偽造。由此看出章太炎對於甲骨文和新興學術的無知。
胡適稱他是“清代學術史的壓陣大將”。
許壽裳在《章太炎傳》中這樣評價章太炎：“以樸學立根基，以玄學致廣大，批判文化，獨具慧眼，凡古近政俗之訊息，社會文野之情狀，華梵聖哲之義諦，東西學人之所說，莫不察其利病，識其流變，觀其會通，窮其指歸。‘千載之秘，睹於一曙。’這種絕詣，在清代三百年學術史中沒有第二個人，所以稱之為國學大師。”
許壽裳還說：“先師章先生是革命大家，同時是國學大師，其階位卓絕，非僅功濟生民而已。前世紀之末……自先師以歷史民族之義提倡光復，‘首正大義，截斷眾流’，百折不撓，九死無悔，而後士民感慕，翕然從風，其於民國，艱難締造，實為元功。”
于右任稱讚章太炎說：“章太炎，中國近代之大文豪，而亦革命家之鉅子也。”
張中行評價章太炎“總的印象是：學問方面，深，奇；為人方面，正，強”。
柳亞子曾盛讚章太炎：“悲歌叱吒風雲起，此是中國瑪志尼（義大利著名的資產階級革命家）！”
徐復觀說：看過他的《國故論衡》之類，總是在懂與不懂之間表示一種莫名其妙的敬佩。一九四四年，有一次和熊十力先生談天，熊先生說章氏除了文章寫得好，及懂一點小