由西華門闖宮，屆時由太監楊進忠、高廣福引入。進城，歇息一夜，十五日上午兩隊都悄悄抵達指定地點。下午，內應太監出宮迎接；兩隊人馬遂分頭行動。
西路極順利，全部闖進西華門。先入尚衣監，將監中太監、宮女不分青紅皂白，一律殺掉。這是領路太監楊進忠的主意。因為楊進忠是茶房太監，曾去尚衣監乞求補衣被拒；今日有了官報私仇的機會，何不先殺一個痛快！尚衣監只有一老婦因匍匐荊棘中倖免於難。
東路則頗不順。因入東華門時教眾與送煤者爭道，露出兵器，為官兵發覺；官兵急掩大門，僅陳爽等十幾人得以闖入。入宮後，這十幾人各亮兵器，奪路向西殺去。⑥
待東、西兩路人馬合兵一處時，紫禁城警聲四起，清宮輪值侍衛早已各就各位，內廷、外廷各大門也均緊緊關閉。這就迫使闖入者在高牆夾道間左衝右突，浪費了精力，卻難以進擊皇宮的核心機構。
但戰鬥並不稍緩：
——協和門外，教眾與官軍廝殺，互有傷亡，不分勝負。
——文穎館內，供事文官起而爭鬥，被教眾一一砍殺。
——慈寧宮伙房，教眾縱火，被衛兵擒拿。
——熙和門外，教眾殺侍衛那侖。在太監高廣福帶領下由馬道登城牆，並在城上招展白旗。白旗上或寫“大明天順”，或寫“順天保民”。搖旗間，高廣福中彈墜城。
——武英殿複道中，雙方遭遇，官軍以鳥槍擊殺教眾數十人。
——養心門外，教眾以人梯登牆，皇次子綿寧開槍，擊殺二人。貝勒綿志擊殺一人。⑦
月上東天，紫禁城因為沒了往日的燈火，顯得格外清冷。拼殺了半天的教眾，死傷之外，所剩者已不知幾許。他們在黑暗中，三三兩兩，打著遊擊。有幾個人闖入五鳳樓，拿出火石、火繩，準備縱一把火，以便乘亂突圍。豈知，火還沒引著，一聲驚雷，大雨瓢潑……
晴轉陰，陰轉晴，此乃天候之變。誰能料到，一場大雨，阻止了紫禁城的火災呢！星星之火，未能燎原，大清皇朝的氣運還有一百年的喘息呢！
戰鬥持續到十六日午後。除犧牲者外，林清黨眾被俘者二十四人。
林清被捉。嘉慶帝親加審訊。帝