而以大將一員統帥，稱總督京營戎政;以文臣一員輔佐，稱協理京營戎政。其下設副參等官。凡團營兩官廳之兵，悉歸五軍營;而寶纛令旗等項則仍隸神樞營。明後期，三大營增設監視內臣，營務盡領於中官。
後來，京營就被勳貴子弟所侵佔，這裡簡直就成了京城那些勳貴官宦子弟們的養老之地，平時衣甲鮮明，那不過是給皇帝撐撐場面，實際的戰鬥力幾乎等於零，按照大明軍規，每十天操練一次，結果，真實的情況卻恰恰與之相反，若不是皇帝出行，或者是祭天祭拜祖廟等等大型儀仗，他們就根本沒有一個人到校場操練，即便是皇帝有所差遣，那也要提前十天二十天發下聖旨了，然後大家臨時抱佛腳，穿戴整齊光鮮，簡單的訓練一下隊形，也就是找好自己該站的位置，做個儀表堂堂的人形佈景，儀式結束，大家也就領了賞錢，然後呼朋引伴，去歌姬酒樓揮霍一番。
當初小胖子老爹老國公的時候，還能整頓出三千家丁，最後被崇禎刻意地送上了戰場，從那以後，一個文官陳新甲，接替了老國公將門統帶京營，那簡直就上對經營對一種徹底對毀滅，一個只懂得之乎者也的書呆子，就因為是崇禎科舉的時候的狀元，算是天子門生，就委任了這軍政大權，結果就是貪生怕死，然後，背叛了呂漢強，差一點讓呂漢強的呂家軍全軍覆滅在呂京城之下，讓聚殲皇太極與皇太極於京城之下的完美計劃徹底流產，導致功敗垂成。
如此大罪，結果由於當時周廷儒和溫體仁的權利擔保，崇禎，竟然想將陳新甲調到其他地方繼續任職，若不是呂漢強，堅決抵制，不惜以全部軍功作為交換，最終殺了陳新甲，為以後大明朝，這個未來的狗屁不通的兵部尚書畫上了生命的句號，說不定他還將危害大明多久。
現在的京營依舊被崇禎看做是自己家的護衛軍，更不能輕動，當時盧象升剛剛升任兵部尚書，準備施行與呂漢強合計的軍制改革，就準備拿京營開刀，結果呢？