爾科夫斯基在1997年帶著自己幾乎整個班子從“梅納捷普”轉入“尤科斯”，他把“尤科斯”及與之相聯絡的“俄羅斯工業”公司發展成自己的商業帝國中心。1998年8月之後，“梅納捷普”破產，但這對霍多爾科夫斯基的生意沒有造成多大的損失。此時他的集團已經掌握一些很大的礦產地、副業及一些大型石油加工企業。中心位於涅夫切尤加斯克城的大型石油產地貯藏豐富，獲得這個油田被認為是“尤科斯”發展的主要的、最富前景的動力。
“尤科斯”還在相關領域積極擴張，這包括輪胎廠、油輪運輸、加油站。但“尤科斯”也保留在食品業、針織業、建材及建築業中的份額。聯合公司中最有價值的部分是“阿帕奇特”——生產化學燃料濃縮物的最大企業。
除霍多爾科夫斯基之外，“尤科斯”主要的股票及財產擁有者還有列昂尼德·涅烏茲林、普拉東·列別傑夫、弗拉基米爾·杜波爾、米哈伊德·布魯德諾和瓦西里·沙赫諾夫斯基。2003年正是公司發展史上最輝煌的一年。這一年中，僅上半年“尤科斯”的石油產量就增加了20。6％，產量達3900萬噸；石油加工規模增長19。8％，達到1810萬噸，6個月的進項為77億美元；除去賦稅及折舊費後，公司純利潤達22億美元，比上一年增長80％。正是在2003年，“尤科斯”董事會做出決議，將不少於20億美元的盈利作為紅利分派。公司還決定在國家杜馬選舉中加大對一些政黨的經濟支援力度。接受“尤科斯”捐助的主要政黨有“亞博盧”、“右翼力量聯盟”和“俄羅斯共產黨”。公司決策層有意在國家杜馬中安插“自己人”，想在新的國家杜馬中先得到“攔截股”，經過若干年後再得到“控股”權。
霍多爾科夫斯基公開宣佈，他打算在石油領域只幹到2007年，在此之後，他將從政。對政治家來說，坐牢似乎是非常有利的閱歷和政治生涯中重要的一部分。霍多爾科夫斯基及其所有追隨者、庇護者也因此宣佈他的被捕是政治舉動。
但是，針對“霍多爾科夫斯基事件”的指控書中沒有任何政治方面的指控。
霍多爾科夫斯基因何受到指控？
霍多爾科夫斯基被捕後，《國際文傳電訊社》的網站上很快出現《A18/41…03刑事案資料》。只有《生意人報》一家報紙刊登了這份檔案的全文 ，其他報紙只對這份材料做了簡單介紹或者隻字不提（如《蘇維埃俄羅斯報》）。
霍多爾科夫斯基受到7項刑事指控，主要都是司空見慣的刑事罪：侵吞國有及個人委託給他的財產；逃稅（作為自然人及法人）；詐騙及偽造檔案；濫用信任及不履行法庭的決議。這些起訴在大部分情況下都注有“數額巨大”，甚至“數額特別巨大”的字樣。
臨近選舉（19）
《資料》是從霍多爾科夫斯基在1994年就實施很多所謂違法犯罪行為的敘述開始的。在這一長達50頁的檔案的首頁可以讀到這些內容：“1994年，霍多爾科夫斯基就任莫斯科‘梅納捷普’銀行總裁。在此期間，他成立了以欺詐手段侵吞私有化程序中俄羅斯企業股份為目的的組織，並在實施犯罪過程中領導了該組織的活動。”霍多爾科夫斯基領導的這個組織“致力於在得到企業的股份後，攫取對公司的發展戰略及企業具體管理的決策權。獲得上述權利之後，霍多爾科夫斯基及其組織成員保障了擁有、使用及支配股份制企業所有財產的權利。這樣，他們就以低廉的價格，而非市場價給其所控制的中介提供企業生產的產品。中介又以市場價向需求者提供產品。霍多爾科夫斯基與其組織的骨幹成員獲得了中間的差價。這給其他股東帶來損失，使其無法獲得純利潤帶來的紅利” 。
上述描繪只是其侵吞及詐騙活動的一個掠影。《資料》接著還列舉了他們製造假冒法人、開皮包公司、不從事任何商業活動卻從中獲得鉅款的許多事實。隨後敘述的是以類似手段進行欺詐交易的數十項活動。非法活動大部分是在1997～1999年間進行的，但也有在2000年、2001年和2002年非法獲得百萬美元的情節，其偷稅漏稅給國家造成的損失已達10億美元。
虛假的合同、非法的盈利、對股東及客戶的欺騙、以期票換取資金，甚至偽造簽名，對這些非法活動的描述都能在18/41―03號刑事卷宗中看到。在其最後一頁提到偽造檔案是為了大幅度減少繳納退休基金的費用，“這違反了俄羅斯聯邦刑法第二章第327條款”；偷稅漏稅、不繳納保險費數額巨大，“違反了俄羅斯聯邦刑法第二章第