那合情人理的話語，為會議的走向定下了一個務實的基調。對此，蔣介石的高階幕僚唐縱是感慨萬千。在當天的日記中，他曾不無歎服地寫道：“懂得宣傳的人，必須懂得人民的心理，離開人民的心理而言宣傳，必扦格而不能人。共產黨是懂得宣傳的，因為他們時常注意人們的心理，人民的要求。”
唐縱的話，沒有講錯。中國共產黨及其傑出代表周恩來正是這樣做的，所以他的講話總是那麼深人人心，得到人民的擁護。
從1 月14日起，會議進入正題。大會的中心問題是政治民主化和軍隊國家化問題。其議題有五個：一是改組政府問題；二是施政綱領問題；三是軍事問題；四是國民大會問題；五是憲法草案問題。會議由此分為相應的五個小組，各議題在全體大會提出後，再分別交由小組具體協商。周恩來除出席大會外，主要參加了軍事組和憲法草案組的討論。他對會議的每項議題都發表了重要意見。
關於改組政府和施政綱領問題，董必武代表中共系統地闡述了10項主張：（一）和平建國的基本方針；（二）人民自由權利問題；（三）結束訓政，擴大政府的民主基礎；（四）籌備國大制定憲法；（五）實行地方自治，廢除保甲制度；（六）改組軍事委員會，分期整編全國軍隊；（七）制定善後復員計劃；（八）改革財政經濟；（九）改革文化教育；（十）維持國際和平，保護華僑利益。周恩來側重談了人民基本自由權利的保障問題，他說：“蔣主席在本會宣佈的四項主張，我們非常擁護，全國人民迫切希望全部實現。有些事情當然要有步驟，但放人這件事立即可做。”說到這裡，周恩來“感到很沉痛並表示遺憾”，他特別提到了張學良和楊虎城的人身自由問題。他說：“不願來說過去歷史，但是在道義上不能不說。九年前挽救國家民族一大危機的張揚兩先生，他們做法雖然魯莽了一點，做了一件政府認為不對的事情，但此事結果，卻為民族產生了驚天動地的團結抗戰，若沒有他兩人的贊成，也不會有民族復興節那天的歡欣。不念舊惡，是中國人民的美德，要是張楊兩先生釋放了，西北與東北父老乃至全國人民，誰不歡欣，何必不做！給人民自由只有對國家有好處，望政府當機立斷。”同時，他還表示：“我們負有一部分地方政權責任的方面，政府黨與全國人民也可以提出向我們要求，我可負責宣告，只要各方面有真憑實據來批評，錯了的，我們一定認錯，應改的一定改。”
關於軍事問題，周恩來代表中共提出了12項建議：（一）成立各方人士參加的委員會，公平合理地整編全國軍隊；（二）全國整編與大量裁兵的原則；（三）凡是抗日有功部隊，應該一面承認，一面整編；（四）用文人主管軍政，軍政機關應隸屬行政院；（五）改革軍隊制度與教育問題；（六）地方治安應由地方的保安隊或自衛隊負責維持；（七）軍黨分開；（八）現役軍人不做行政官吏；（九）一般軍費支出不能超過國家總預算的百分之二十五；（十）採取切實辦法，徹底解散偽軍；（十一）限期解除敵人武裝，並遣送其回國；（十二）復員善後如需借外債，須經過改組後的政府批准，且外債支出應該用於建設和復員方面，絕不能用來養兵以進行內戰。關於軍隊國家化與政治民主化的關係問題，周恩來強調，二者必須同時進行，不能認為先有軍隊國家化，然後才能政治民主化。至於軍隊國家化的標準，周恩來說，軍隊應不屬於個人，不屬於派系，不屬於地方，而須屬於整個國家，由代表國家的民主政權的機構來統率；而且，軍隊也應屬於人民。軍隊是從人民來的，只有軍隊能真正保護人民利益，才能保護國家，才能保護民族。這種軍隊應該不是站在人民之上，而是人民的子弟兵，因為人民以其血汗所得來養兵，為的是保護自己，軍隊能夠這樣做，才真正是國家的軍隊，人民的軍隊。現在的軍隊，無論其為國民黨所領導，或為共產黨所領導，其根源都是從革命武力而來，要使軍隊成為人民的軍隊，就必須改革軍隊制度，加強軍隊教育。現在重慶街上有一句口號叫“軍人第一”，這無論在平時或戰時都不妥當。因為“軍人第一”的口號，很容易使軍人想到自己是超越人民的，很容易使軍人滋長“老子天下第一”的氣概，從而導致軍民關係緊張。而軍人是有槍的，橫行霸道十分容易，老百姓決不敢和他衝突。因此，向軍人進行“人民第一”的教育“非常重要”。
關於國民大會和憲法草案問題，鄧穎超代表中共提出了兩條意見：（一）改組後的國民政府應負責協同政治協商會議商定中國民主憲法草案及國民大會選舉法、組織法，並立即根據新的選舉法，