見門外的喧譁人聲時，他便問匆匆進門的馬經綸，馬經綸回答：“兵馬司來人了。”李贄一下就明白了，他迅速下床，只邁了幾步就走不動了，便大聲說：“他們是為我而來，快給我取門板來！”於是他躺臥在門板上，高聲說道：“快走，我是罪人，不能停留。”於是他被人抬著，向外走去。
此刻，馬經綸顯示出了燕趙之士的俠肝義膽，堅決要與李贄同行。李贄阻止道：“被革職者不許入京，這是制度，而且你還有老父在。”馬經綸說：“朝廷把您當作妖人，那我就是窩藏妖人者，要死我們就一同死，絕不能讓您去坐牢我卻留在家裡。”於是他們一同離開通州城。就這樣，李贄在這個遲到的春天裡，被抬進了北京城，投進了監牢。
第二天，兵馬司的一個指揮審問李贄，李贄被架著胳膊拖進大堂，由於無力，他躺臥在冰冷的石階上。指揮問：“你為什麼寫壞書？”李贄答：“我著書甚多，白紙黑字，它們對聖教有益無害！”指揮對李贄的倔強也無可奈何，只好不了了之。
按照李贄的情況，頂多是發回原籍，不會治其他的罪，但卻遲遲沒有處理結果。對李贄來說，被自己的敵人投進監獄卻無力反擊，這本身就是恥辱和遺憾，而重病使反擊的可能變得更加渺茫，這是他所無法容忍的。實際上，就他的性格而言，不論最後的處理結果是什麼，他都會以死作為最後的抗爭。1602年的三月十五日，李贄在獄中以剃刀自刎，次日逝世，終年76歲。一代奇人，用壯烈的死，為自己的人生畫上了一個大大的驚歎號，也向後世控訴了封建專制的黑暗。
李贄死後，馬經綸將李贄葬在通州城北三里的迎福寺西，其葬式完全依照李贄在《李卓吾遺言》的吩咐。墓高一丈，樹碑二通，周圍種滿白楊
李贄一生四次到北京，通州之行是最後一次。
李贄第一次來京是在嘉靖四十年（1561年），目的是求官。但他只是舉人出身，求官十分不易。李贄後來追述首次來京的情景：“在京師住了十個月，得不到位置，錢快用光了，只好到塾館中教學生來養家，又教了十多個月的書，才得到一個空位置”，也就是說，在失業近2年後，到了1563年他才重新有了工作，這個工作就是北京國子監博士，仍是教書。此前李贄做過河南共城教諭、南京國子監博士，都是教官。
嘉靖四十五年（1566年），已經40歲的李贄來到北京，擔任了禮部司務，這是他第二次來京，也是他在京生活時間最長的一次。禮部司務是一個隸屬於禮部司務廳的九品小官，相當於幹事或文書，負責辦理一些具體的事務。在這個職務上，李贄一直做了四年，直到隆慶四年（1570年）他升任南京刑部員外郎為止。禮部司務是一個窮官，經濟上所得極為有限，但李贄卻不以為意，他把求“道”（關於人生的真學問），作為來京的目的。這是他此前多年的追求。
俗話說，近朱者赤，近墨者黑。在同僚李逢陽、徐用儉的影響下，李贄終於認識和接受了流行的陽明心學。在接受心學之前，李贄所信奉的是傳統的儒學思想，在這樣的思想範圍裡，他不可能創造不朽；因此可以說，心學的接受，是李贄叛逆思想的發端。而這，又與北京是分不開的；當然，他人生旅途中的更大坎坷也是從這開始的。
萬曆二十五年（1597年）八月，71歲的李贄第三次來到北京。
李贄這一次是路過，他要等待他的另一個朋友焦竑一同前往南京，商討他的著作《藏書》的出版事宜。《藏書》是他在山西改定的一部歷史著作。
李贄寓居京西極樂寺，此時正是深秋時節，他不以詩詞見長，但面對久別重逢的京師秋景，還是吟出了“時逢重九花應醉，人至論心病已蘇；老檜深枝喧暮鴉，西風落日下庭梧”的詩句。秋盡冬來，冬去春回，李贄在極樂寺迎來了新的一年。新年第一天，大雪紛飛，漫天皆白，他在《元日極樂寺大雨雪》中寫道：“萬國衣冠共一新，婆娑獨佔上方春；誰知向闕山呼日，正是花飛極樂辰。寂寂僧歸雲際寺，溶溶月照隴頭人。年來鬢髮隨刀落，欲脫塵勞卻惹塵”。詩的後兩句，寫的是他的煩惱，而這嚴酷的現實，與“萬國衣冠共一新”的新氣象是那麼遙遠，這令他十分的感慨。這年春末，李贄與焦竑一同乘船，順運河南行，離開了北京。
通州迎福寺西的李贄墓一直儲存了350年，1953年，衛生部在該地建造北京結核病醫院，將墓遷走。其後又幾經遷移，終於在1983年將李贄墓遷至通州西海子公園內。當年焦竑題寫的“李卓吾先生墓”的石碑仍樹立在墓前。 （張