省非奉旨毋擅調軍”。調動行省所屬軍隊的批准權，集中於皇帝一人。行省只能遵照朝廷的號令行事。就是說，大多數情況下行省調動軍隊是奉朝廷的敕、命行事的。此項規定過分刻板，各行省距京師數千裡之遙，奏報後待命而行，多半會貽誤軍機。或許是考慮到此種偏向，文宗至順元年（1330年）十二月，朝廷又改而允許行省在緊急情況下便宜發兵。行省官經常親自統率軍隊征戰。但率軍征戰的，不僅必須是佩有朝廷所賜金虎符的平章等官，而且每次是否由“行省宰臣親率諸道兵往討之”，也須依朝廷命令而定。行省官對所屬軍隊將領的懲辦治罪，也是其提調軍馬權力的一個方面。迄仁宗朝，元廷對行省處理軍將的限制頗嚴，“軍官犯罪，行省諮樞密院議擬，毋擅決遣”。元朝後期，上述規則逐漸放寬，行省始被允許便宜處理副下千戶（受敕官〕等下級軍官的一般犯罪和戰時貽誤軍情者。朝廷還根據政治、軍事形勢的需要，負責變更各行省轄區鎮戍軍隊的分合聚散等。對轄區鎮成軍隊的分佈，行省也可以提出增減調整等意見，稟報樞密院，轉奏朝廷。但批准與否，權在朝廷。各行省所屬鎮成軍隊的換防調動，對行省所掌軍事權力，對行省長官與鎮戍軍隊的統屬關係等，部會產生微妙影響。朝廷實施此類換防和調動時，行省官往往不很情願。如平宋後阿里海牙官至湖廣行省左丞相，恃寵倨傲，舊屬部將盤根錯節。世祖以詔旨命所屬二萬戶與江淮行省四萬戶換防。阿里海牙遲遲不肯遵旨發兵，最後畏於抗旨“不敬”的罪名被迫執行。由是觀之，定期不定期地調換各地戍兵，似乎又是朝廷防止行省掌兵官員與所屬戍軍間統屬關係的固定化、私人化的一項有效舉措。有元一代，“整點”閱實各地軍隊數目，也是皇帝和樞密院始終掌握的重要事權。“整點”’一般在皇帝即位及征伐之前舉行。無論何種“整點”，“非得旨，皆不敢行”。
總之，在行省受朝廷委付提調軍馬的體制下，行省長期坐鎮藩服，統轄戍軍，成為地方諸官府中少數握有較大軍權的機構之一。從形式上看，在中央與地方軍事權力分配中，行省似乎應該是地方軍事勢力的代表，行省掌握較多軍事權，也應是意味著軍事方面的地方分權了。然而，由於行省所具有的朝廷派出機構的性質，由於行省掌軍時與朝廷的上述特殊關係，在實際效果上行省並未能構成名副其實的地方軍事機關和**的地方軍事勢力。行省所掌軍事，既體現軍事權力分配給地方的部分，又在很大程度上代表朝廷控制地方軍事。其為元廷中央集權服務和傾向於地方分權的雙重效應，是顯而易見的。從總體上看，行省受委付提調軍馬，並沒有對中央集權帶來多少危害，反而主要發揮了某些有利於中央集權的作用。
與自身雙重性質及代中央分馭各地的使命相適應，行省在地方司法中發揮了承上啟下的作用。首先，行省有義務過問和審理朝廷交辦的某些獄案。其次，負責轄區內官民疑難獄案的審讞及部分刑獄的斷遣。此外，還鞫問行省屬官犯罪案件。
行省在審理以上獄案時，需要較嚴格地執行朝廷的相應規則典制。世祖至元五年（1268年）的一段公文說：“四川行中書省移準中書省諮，‘來諮：但有罪名，除欽依聖旨體例洎中書省明文檢擬外，有該載不盡罪名，不知憑何例定斷［奪，請定度事。’本省相度，遇有刑名公事，先送檢法擬定，再行參詳有無情法相應，更為酌古準今，擬定明白罪名。除重刑結案諮來外，輕囚就便量請［情斷遣，請依上施行”。公文前半是行省就“該載不盡罪名”，“憑何例定奪”事，請示中書省的諮文；後半“本省相度”而下，是中書省的批覆。應該說，此批覆對元行省處理刑獄具有普遍指導意義。它規定：行省處理“刑名公事”，檢核法令格例擬定罪名時，較輕的罪犯可以自行斷遣，“重刑”則要結案諮請朝廷審查批准。關於“重刑”諮請，《元史？刑法志三》“大惡”條進一步明確說：“諸謀反事覺行省不得擅行誅殺，結案待報。”這也是朝廷屢屢以敕令等形式告諭有關行省的。各行省除少數誅殺盜賊的特殊情況外，大體也遵此而行。如大德初江浙行省平章博羅歡欲治杭州十家豪民死罪，中書省刑部改斷杖罪，遂依中書省所斷實施。行省稟報請示朝廷的，還包括部分疑難或與通例不合的案件。如仁宗年間，江浙行省擬斷鎮撫劉世英抑良為驅，割去其囊腎之案，因“未見所守通例”，移諮中書省請示。
在地方司法系統中，行省屬於縣錄事司、散府散州、路（直隸府、州）及廉訪司以上的第五級兼治刑獄的官署。其級別高，權力較大，上可奉朝廷旨意處理某些獄案，下可對轄區疑難