、草場、大使、副使各一人。行都指揮使司，設官與都指揮使司同。長官之中有一人統司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上。《明史·職官志五》說：“都司掌一方之軍政，各率其衛所以隸於五府，而聽於兵部。”
衛指揮使司設官與京衛同。外衛皆統于都司及行都司。衛以下為千戶所，千戶所又轄百戶所。千戶所有正千戶1人（正五品），副千戶2人（從五品），鎮撫2人（從六品）。其屬吏目1人。千戶所轄百戶所10個，共有百戶10人（正六品），總旗20人，小旗100人。刑獄則歸鎮撫掌管。凡衛所皆隸于都司，而都司又分隸於五軍都督府。自衛所以下，其官兵多世襲，這是明代特殊制度之一。
都督府的都督名稱後來變為空頭的官階，而統兵之官則須別加總兵、副總兵、參將、遊擊將軍、守備、把總等名目。《明史·職官志五》：“總鎮一方者為鎮守，獨鎮一路者為分守，各守一城一堡者為守備，與主將同守一城者為協守。又有提督、提調、巡視、備禦、領班、備倭等名。凡總兵、副總兵一職均須有公、侯、伯、都督爵銜者充任。其總兵掛印稱將軍者，雲南曰徵南將軍，大同曰徵西將軍，湖廣曰平蠻將軍，兩廣曰徵蠻將軍其在薊鎮、貴州、湖廣、四川及儹運淮安者，不得稱將軍掛印。宣德間，又設山西、陝西二總兵。嘉靖間，分設廣東、廣西、貴州、湖廣二總兵為四，改設福建、保定副總兵為總兵，又添設浙江總兵。萬曆間，又在臨洮、山海增設總兵。至明代末年，總兵官增置繁多，不可勝記。總兵在明代本為無品級之差委，至清代則為正二品的正規武職。
此外，還有軍民府、土州、土縣，其官員設定，與府、州、縣制相同。
◎整頓吏治
洪武元年（公元1368年），明太祖徵召天下之賢才為府州縣官，並敕命給予新授的郡縣官以厚賜，鼓勵其自知廉恥，冀到任之後，無擾害生民。據《昭代典則》載，洪武元年，太祖對新授北方縣令說：
新附之邦，生民凋瘵（zh4i，音債），不有以安養之，將複流離失望。爾等宜體朕意，善拊循之，毋加擾害。簡役省費，以厚其生；勸孝勵忠，以厚其俗。能如聯言，不特民有受惠之實，即汝亦獲循良之名。
又據《典故紀聞》載，洪武年間吏部選用了一批國子生為六品以下郡縣官，太祖詔諭之說：
事君之道，惟盡忠不欺；治民之道，惟至公無蔽。凡一郡一邑之民，必有飢寒不得其所者，有獄訟冤抑者，有賢才不舉者，有豪猾蠹民者。汝等到任，能不為私慾所蔽，人言所惑，則方寸自明，而諸蔽可息。一牽於私慾，而惑於人言，則冥然如坐暗室，飢寒者無由獲濟，冤抑者無由伸理，賢才壅蔽，而豪猾縱橫，則為廢職矣。古人有言：人始入官，如入暗室，久而乃明，明乃治。汝等切記之，毋為人蔽惑也。
當時，天下之府州縣官，凡廉能正直，不畏權勢，考課得最者，則越級擢用。據《明政統宗》載，洪武二十四年（公元1391年），新化縣丞周舟以廉考課得最，升吏部考功主事。後其縣民蕭俊等詣闕奏言：“自舟去後，民被擾不安”。為安定縣民，太祖只好改詔，再令周舟為新化縣丞，並令禮部宴賞遣之。又《昭代典則》載，洪武十九年（公元1386年）四月，寧波知府李仲文遣府吏馬仁生到慈溪縣巡察，府吏不遵守該縣法規，被慈溪縣丞秦仲彰械逮至京都，太祖甚嘉之，遂擢秦仲彰為寧波知府，降原知府李仲文為慈溪縣丞。又《典故紀聞》載，御史凌漢審獄公正，罪犯很為感激，有個釋放犯在路上碰到凌漢，特邀請他飲酒，並贈以厚金。凌漢說：“子罪當爾，非我私子。酒可飲，而金不可受。”堅決拒絕接受厚金。太祖得知其事，即擢凌漢為副都御史。同書又載，有個小吏，因貪贓事發，投井自殺。太祖聞之，對群臣說：“彼知利之利，而不知利之害，徒知愛利，而不知愛身，人之愚孰有甚於此？今其人死不足恤。”
朱元璋目睹元末政治腐敗，官吏貪汙的種種弊政，在他建立明王朝以後，就特別注意整頓吏治。《典故紀聞》記載他曾對群臣說：
朕昔在民間時，見州縣官吏多不恤民，往往貪財好色，飲酒廢事，凡民疾苦，視之漠然，心實怒之。故今嚴法禁，但遇官吏貪汙蠹害吾民者，罪之不恕。卿等當體朕言，若守己廉而奉法公，猶人行坦途，從容自適；苟貪賄罹法，猶行荊棘中，寸步不可移，縱得出，體無完膚矣，可不戒哉！
朱元璋對官吏的考課非常嚴格，除了採取賞罰措施外，還輔之以嚴刑峻法。他執法很嚴，還在農民戰爭時期