立起第二道防線，並以南方的經濟和軍事重鎮九江為樞紐。李明睿還為此策略提供了一個歷史例證，即南宋遷都杭州後，又統治了一個半世紀。他強調說，類似的南遷完全適合明朝目前的形勢，也完全符合《易經》上利的概念。當李明睿和李邦華審慎地討論建立南明政權的可能性時，他們都明顯感到，要獲得這一冒險行動的成功，必須由皇帝，而不是太子，率眾遷往南京。
李明睿解釋說：太子少不更事，“稟命則不威，專命則不敬”（《左傳》語），不如皇上親行為便。他希望讓太子留守北京攝政，保護宗廟社稷，崇禎本人則親自率眾遷至南京，在史可法所率長江下游駐軍的保護下，為南明政權的建立，奠定行政和經濟基礎。不過這最終意味著將中原讓給清軍或者是朝鮮聯軍，這一點李明睿也解釋的很清楚，“以中原之地引其互爭，正可坐收其利”，再說由魏藻德等北方人輔佐太子，中原也不一定陷落，他的這種安排只是比較保險而已。
當然，沒有什麼正式理由說明為什麼北方籍官員不能一同南下，但他們在河北、山東、山西的田產，使其難以離開。這些官員形成了第三種建議就是死守中原，在各地招募義軍，甚至是可以招降李自成，共同抵禦外虜，他們相信只要有皇帝留在北京，由他登高一呼，在國家和民族生死存亡的時刻這些人會曉得民族大義的，自己的財產也會得到保護，殊不知李自成所率領的這支義軍都是由不識多少大字的農民組成的，讓他們有這麼高的覺悟恐怕很難，至少需要一個教育的過程，至於這個過程需要多久大概只有天知道。因此，援引《春秋》也未能緩解南北方官員對這些戰略的激烈爭論，看著底下的群臣已經吵成一鍋粥，崇禎皇帝十分厭惡，他甚至心中曾經惡毒的想到要將這些人都處死，但是這是不可能的，那樣自己豈不成了光桿司令。
就在紫禁城內還未是否南遷而爭論不休時，山西的首府太原，這一堅守到最後的堅城也終於被八旗攻破了，整個山西幾乎都在女真人的控制之下了。
太原陷落之後，崇禎再次召集六部、督察院和翰林院群臣議事獻策。就在這時，主張南遷的大臣提出了一項折中方案。李邦華呈上密摺，建議派遣太子南下，以加強江南防線，皇上則留下來守衛北京。這就是說，讓皇上留下來與北方籍官員在一起，而一旦王朝覆滅，南方人便有了一位合法嗣君。
崇禎皇帝再次召見群臣，以觀察他們對李邦華建議的看法。崇禎手持這份密摺，令李邦華闡述其內容，李邦華婉言推辭，崇禎遂大聲宣讀起來並詢問群臣的意見。大臣們一個接一個站出來表示贊同這一建議。由於戰場上無法挽回的敗局，加上南方籍官員的遊說，多數人都轉而支援南遷。德高望重的項煜是太子講讀，他自然也贊同這一建議。但最為重要的一票在內閣首輔兼太子少保溫體仁手中，他對李邦華的支援，使崇禎皇帝陷入了困境。
看著下面的群臣，崇禎皇帝臉上青一片紅一片的，他本來已有“那麼點兒”同意親自去南京，而將守衛社稷之責留給太子了。
但現在他與太子的職責被顛倒過來。假如不是他而是太子南下，來使明朝像南宋那樣再延續個150年，那麼留下來守護社稷宗廟就將成為這位當朝皇上的神聖職責。因此，李邦華的建議等於要求崇禎做出自我犧牲，而眼下公開舉行的廷議又迫使他在大庭廣眾面前做出抉擇。
崇禎別無它法，只得堂而皇之地宣稱：“國君死社稷，恆理也。”但話一出口，他又忍不住滿腔怨恨地加上一句：“言遷者欲使朕抱頭鼠竄耶？”大概是因為皇帝明顯流露出不快，幾位大臣急忙改變立場。兵科給事中光時亨憤怒抨擊李邦華，並指責李明睿是這些“邪說”的幕後支持者。
於是，決定性的時刻來到了，光時亨本人是南方桐城人，但他堅決主張固守北京，而當他慷慨激昂地譴責了那些要放棄京城的人之後，在場的27位大臣竟有19位表示放棄南遷主張。這並不完全符合崇禎的心思，因為他心底是想要代替太子南下，而現在大多數大臣卻主張整個朝廷仍留在北京。結果雙方都招致了崇禎的憤怒。他一面說：“光時亨阻朕南行”，一面又指責李明睿結黨欺君。
若按光時亨的主張，皇帝和太子都不南下，那麼就必須採取措施保衛京師。12月16日，光時亨上疏崇禎，建議召回所有主要將領勤王。疏中承認採取這一措施意味著將部分領土給滿清和朝鮮，但他認為這只是暫時的損失。朝廷一旦穩固了京畿重地，恢復了力量，就可以收復這些失地。光時亨的建議在朝中引起激烈的爭論，他的支持者們（倪元璐、金之