1982年11月19日，在五屆全國人大常務委員會第25次會議上，透過了國務院提議，任命張愛萍為國務委員兼國防部長。
他又回來了。與過去不同的是，他在軍隊的職務是軍委常務會議成員了，這就進一步強化了軍隊對國防工業的主導作用。時隔他被免職的五屆人大常委第23次會議，正好半年。
但這一屆軍委，迎來的卻是軍隊和國防科技工業的冬天。
長期的臨戰體制，使我軍兵員和武器裝備在數量居世界前列。因為投入不足，加上改革開放後，訂貨體制的逐漸市場化，軍品成本大幅上漲，裝備採購數量不得不減少，即使研製出新型的武器也無法裝備部隊。空軍主戰機型落後，海軍作戰艦艇滯留在中小型上，現代戰場中許多重要領域的裝備，如武裝直升機，空中加油機，戰略預警系統，航空母艦和艦載機等，都處於空白。對未來軍事技術發展影響最大的微電子技術和資訊科技，仍是薄弱環節，嚴重地拖了各型號武器的後腿。就連相對佔優勢的步兵常規武器，與周邊一些國家相比，從60年代的旗鼓相當、略佔優勢，到現在已呈現出落伍狀態。更為讓人撓頭的是，原有的武器裝備相繼進入了更新期，補不抵退。由於大量舊裝備超期服役，維修費用急劇上漲不說，老化失修，事故頻出日趨嚴重。工程建設經費的保障不足，使軍用機場、碼頭失修；徵地賠償費的增加，使部隊實裝實彈的訓練減少；油料、備件的短缺，使飛行、艦艇、裝甲部隊難以行動……
與此相反，國際軍事領域的發展卻呈突破態勢。美蘇正在加速對武裝力量進行結構性調整。加快更新速度，增強高科技的投入，完善快速反應體制。尤其是接二連三的中東、馬島作戰，空地一體的現代戰爭的理念已初見端倪。難道以馬隊、長矛對付八國聯軍洋槍、洋炮的歷史還要重演嗎？
父親回顧這段經歷時說：“再困難的局面我們不是都走過來了嗎？”
1982年父親向中央提出了新時期國防科技和國防工業發展的指導方針。後來被人們習慣地稱為16字方針。
其實，有兩個16字方針。
第一個16字方針是：“縮短戰線，突出重點，狠抓科研，加速更新。”
這一條知道的人不多，限於國防科工委機關和總參裝備部等領率部門。
第二個16字方針是：“軍民結合，平戰結合，軍品優先，以民養軍。”
父親的原話是“以軍為主”，上報中央後，鄧小平改為“軍品優先”。這四個字的改動是耐人尋味的，它最終導致了軍工產業後來的走向。
如果說，第一個方針是目標的話，那麼第二個方針就是手段、是保障；或者說，一是壓縮調整；二是廣開財路，一句話：開源節流。
父親去世後，曾任國防科工委政治委員的伍紹祖在回憶這一段歷史時說：過去我們自詡不做軍火商，現在看來不按照國際通行的法則開展軍品貿易是不行了。為了開創軍事科技工業發展的良好環境，張愛萍同志讓我負責外事。主要是從兩個方面入手，“一是軍品貿易；一是突破蘇美對我國的軍事技術封鎖。”愛萍同志向我強調三條：“出售武器，是為了增強發展中國家自衛能力的，絕不要摻和到有武裝衝突的國家中去；在軍品貿易中一定要‘一身正氣，兩袖清風’；一手交錢，一手交貨，不能給國家造成損失。”（注：伍紹祖《憶我的工作老師——張愛萍》）
當年，這個清華核物理系的研究生出身的國防科工委副主任，年輕氣盛。他驕傲地說：是我們國防工業“率先從計劃經濟走向市場經濟的”。
自20世紀80年代初起，國防科委、國防工辦和二、三、四、五、六、七、八機部，分別成立了公司。中國新時代公司、中國燕山公司、中國原子能工業公司、中國航空技術進出口公司、中國電子進出口公司、中國北方工業公司、中國船舶工業貿易公司、中國長城工業公司、中國精密機械進出口公司。父親規定，國防工業口的公司，必須統一領導，軍品貿易的收入必須用於發展軍工，統一安排，不得留成。這幾個中國字頭的公司一掛牌，立即引起了世界金融和貿易領域的震動。很快就與世界幾十個國家、地區的政府和民間廠商進行了軍品貿易。
國防科工委又出新招，在北京舉辦了國際防務技術展覽。中國館展出武器裝備實物300多種。
父親說，光產品不行，技術也是資源。於是在深圳首次舉辦了以軍轉民技術為內容和以外商為主要使用者的“中國深圳技術交易會”，為軍用技術走向