。1946年穀壽夫被押回中國審判，一輛囚車把他運進南京的一座拘留營。為起訴他作準備，穿著白色工作服的法醫專家挖開中華門附近5個葬地，挖出成千上萬的骸骨和顱骨，許多是因槍傷而斷裂，而且仍然染著黑色的血跡。
當面對整座城市集中爆發的憤怒時，谷壽夫一定感到膽戰心驚。他穿著拆去星章和綬帶的黃色軍服，站在被告席上，80多名證人出庭詳述無休無止的一系列恐怖行為。起訴書很長，列舉了谷壽夫師團犯下的成百上千樁罪行：刺殺、燒殺、淹殺、勒殺、強姦、偷盜和破壞。罪證越來越多，件件令人髮指，專家們在法庭的桌上展示成堆成堆的顱骨，加強了效果，中國公訴人甚至和專家站到一起。1947年2月6日，宣佈對谷壽夫的判決時，法庭太小不足以容納所有要出席的人，但法庭內還是擠滿了2，000多名觀眾，同時用大喇叭向聚集在外面的好幾萬居民廣播宣判的過程。
法庭裁決有罪，對此沒有人感到意外。1947年3月10日，法庭作出結論：谷壽夫的部隊違反了海牙會議“關於在陸地的戰爭及戰時對待戰俘的習慣法”並縱容了一場大屠殺，使南京據估計30萬人喪生，之後，宣判谷壽夫死刑。4月26日，南京城裡的大多數人走出家門，觀看行刑，人們沿街或沿人行道而站，看衛兵把反綁雙手的谷壽夫押往位於南京正南方的雨花臺刑場。在那裡，谷壽夫被槍斃，許多幸存者認為，與其多數受害者的遭遇相比，他的死已是太人道了。
遠東國際軍事法庭
遠東國際軍事法庭，亦稱東京戰爭罪行審判，1946年5月3日在日本的首都開始。審訊的範圍大得驚人。遠東國際軍事法庭吸引了20萬觀眾和419名證人。審訊的文字記錄多達49，000頁，1，000萬字，包括779份書面陳述和作證書，以及4，336件物證。這次審判被稱作“世紀的審判”，持續了兩年半——是紐倫堡審判所花時間的3倍。事實上，遠東國際軍事法庭會成為歷史上最長的戰爭罪行審判。
遠東國際軍事法庭引起無數傳媒和法律界人士的注意，儘管只有28名日本軍事和政府官員被起訴。每次開庭，法庭裡都擠滿了1，000多人，包括法官、律師、外國記者：新聞攝影師、法律工作者、軍事警察、速記員和翻譯。記者席的左邊，升高的臺子上，坐著來自11個同盟國的法官，記者席的右邊是被告，觀眾坐在樓廳上，律師、助手和職員站在下面。每個人都戴著耳機，因為訴訟程式以英語和日語兩種語言進行。
“在遠東國際軍事法庭上，有1，000個美萊（越南南方的一個村莊，1968年美軍在那裡殺害了100多平民。——譯者）出現”，阿諾德·布雷克曼在他的著作《另一個紐倫堡：東京戰爭罪行審判未曾講過的故事》中寫道。在審訊期間，日本人席捲亞洲所作所為的成千上萬駭人聽聞的細節，透過大量的新聞報道、調查報告、統計資料和證人證詞呈現出來。遠東國際軍事法庭不僅建立了南京大屠殺的永久性口述歷史記錄，而且證明了南京大屠殺僅僅是日本人在戰爭期間全部暴行的一小部分。檢察當局發現，其中有日本人在其俘虜身上做醫學試驗，使重病和飢餓的囚犯因精疲力竭倒地死去的行軍（如臭名昭著的巴丹死亡行軍），修築暹緬死亡鐵路的殘酷條件，把水或煤油灌進受害者的口鼻直到其腸子破裂的“水療法”，懸吊俘虜的腕、臂或腿直至其關節完全脫臼，強迫受害人跪在利器上，令人痛苦之極的拔指甲，電擊折磨，強迫婦女裸身坐在炭爐上，每一種可以想象到的毆打鞭笞形式（憲兵好用的一種折磨方法是把俘虜捆在樹上，圍著他們，用一種委婉地稱作“三重攻擊”或“三方會合”的方法把他們踢死），甚至活體解剖和吃人肉。後來認定，日本人對待戰俘之殘暴甚至超過納粹。納粹囚禁的美國戰俘25人中僅死一人，相比之下，日本人囚禁的三人中就有一人死亡。
南京的暴行——也許是遠東國際軍事法庭最重要的事件——是作為整個戰爭時期日軍行為的一個象徵。合眾社一名採訪遠東國際軍事法庭的年輕記者布萊克曼指出：“南京的暴行不是所有戰爭都普遍發生的一種獨立的事件。它是蓄意的，是政策。東京對此是知道的。因此，它是全世界傳媒的頭版新聞。這就是遠東國際軍事法庭的全部內容。”在審訊中出示的證據壓倒了日方的辯護。國際安全區委員會的一些成員也飛到東京，宣讀他們的日記，展示他們自己的研究發現，回答有關南京暴行的提問。
遠東國際軍事法庭的裁決毫不含糊地痛斥日本人在南京犯下的罪行，用一名觀察者的話