說，日本兵“就像一幫野蠻人被放了出來褻瀆了這座城市”。法庭還作出結論，日本政府很清楚在南京的種種暴行。罪行畢竟是明明白白地在大使館眼前發生的。國際委員會曾經每天都拜訪日本駐外辦事處和日本大使館的代表報告當時的形勢，在頭6個星期甚至一天提兩次抗議。美國駐東京大使的約瑟夫·格魯個人會見日本的高層官員，包括廣田弘毅，通知他日軍的暴行。此外，1937年和1938年駐華的日本無任所公使伊藤也向廣田呈交有關日軍在華暴行的報告。
對南京暴行最強烈的譴責是針對松井石根的。作為當時日本華中遠征軍的指揮官，松井是最明顯的目標：在侵佔南京之前一個月，松井曾誇耀他的任務是“懲罰南京政府和無禮的中國人。”1937年12月17日，松井以極隆重的慶祝儀式進入該城，騎在紅棕色的馬上，接受士兵的歡呼。不過，歷史學家曾提出，松井有可能做了南京暴行的替罪羊。松井患有肺結核，病體贏弱，在城陷之時他甚至不在南京。
由於這個問題缺少文獻，松井對南京罪行的責任仍然是需要進一步研究和爭辯的課題。然而，證據表明，這個患結核病的將軍對整個事件感到罪責難逃，無疑是因為在朝香宮指揮之後，他未能維持日軍的紀律。為了彌補在南京犯下的罪行，松井在離東京約50公里的海濱勝地，他的家鄉熱海的一座小山上樹立了一座表示痛悔的神龕。從長江岸邊運去的幾袋泥土和日本當地的泥土混和在一起，經過雕刻、燒焙、上釉，製成——佛教仁慈悲女神觀音像。松井一家請來尼姑在佛像前唸經，哀悼中國的戰爭亡靈。
然而，自我鞭撻的公開表演是一回事，願意為枉死的人討回公道則完全是另一回事。直至今日，松井在遠東國際軍事法庭上的行為仍然令人費解。在證詞陳述中，他沒有揭示在南京所發生的全部真相，這陳述原本是會牽連到皇室的。相反地，他一派胡言，不是撒謊就是偶爾自我譴責一下。他試圖為南京的暴行找藉口，有時完全否認它們，並用他那關於佛教和中日親善本質的拐彎抹角、含糊神秘的論述來激怒檢察當局。他沒有一次指責天皇。相反地，他自責沒有適當地指向朝香宮親王和天皇，而他還告訴公訴人，為他們去死是他的義務。他說，“我樂意以這種方式結束”，“我確實渴望隨時去死”。
他的願望實現了。法庭作出結論，南京的暴行“不是經秘密命令的，就是故意之所為”，並判處松井死刑。他不是唯一的一個；總共是7個日本甲級戰犯，包括日本外相廣田弘毅，他被遠東國際軍事法庭判決有罪，後來在東京巢鴨監獄被絞死。
不幸的是，南京暴行的許多主要的罪犯——或那些原可以用其皇家權威制止強暴的人——一天也沒有出過庭。
中島今朝吾將軍在日本投降後不久去世。由於尿毒症和肝硬化，此人死於1945年10月28日，最嚴重的一些南京暴行就是其部隊所為。有傳言說中島是個酒鬼，是自殺身亡。不過，他的長子說，他的病是由於吸入自他受僱進行化學武器研究和教學之後就接觸的氣體。湊巧的是，一名美國軍事警察來詢問中島有關戰爭罪行的事，到了他家門口，正好碰上醫生在通知其家人中島死了。中島的傳記作家木材邦憲認為中島奉行了“不留俘虜”的政策；他引述中島之子的話說：“如果我父親活著，他可能逃脫不了死刑。”
柳川平助將軍也死於1945年。不過，在他心臟病發作去世之前，他和朋友菅原豐面談了幾次，他利用他們談話的全部七本記錄出版了一本書。雖然這本書主要是讚美柳川的軍事業績（菅原寫道，“他是個傑出的人，一個偉大的天才”），但它確實提到達了南京的暴行。柳川對整個事件簡直是不屑一談，他向菅原保證關於其士兵暴行的報告純屬“捏造的謠言”。他反而誇耀說，他計程車兵在南京非常遵守嚴格的紀律，甚至進駐中國人家時他們都小心翼翼地穿上拖鞋。
裕仁在日本投降之後又活了很久，但從來不曾為他在戰時的行為面對徹底的道德清算。作為日本投降的交換條件，美國政府同意日本天皇免於審訊，所以沒有作為被告，甚至沒有作為證人傳喚他。因為投降的條件使日本皇室的所有成員免受指控，裕仁的叔叔朝香宮親王（在他的指揮下製造了“殺掉全部俘虜”的命令）也逃脫了審判，使他完全不用在遠東國際軍事法庭露面。
豁免裕仁的戰爭責任的決定及更加糟糕的保留其皇位的決定，後來妨礙了日本人民自身對其二戰罪行的歷史的覺悟。根據裕仁的傳記作者和著名的日本學家赫伯特·比克斯所說：“許多人會覺得難以相信他們