因此被召入京，任起居舍人、中書舍人、翰林學士知制誥等職。但蘇軾對新法的某些部分原本有所肯定，所以不同意司馬光等人一味“以彼易此”的做法，主張“校量利害，參用所長”（《辯試館職策問札子》）；而他的為人，正如他自己所說“受性剛褊，黑白太明，難以處眾”（《論邊將隱匿敗亡憲司體量不實札子》），因而又與當權者發生分歧，並愈演愈烈，發展成政治、學術乃至意氣、黨派的尖銳矛盾。他處於被人“忿疾”、“猜疑”的處境，遭到包括“舊黨”在內的人士與洛中理學家的攻擊，只好自求調離京城，出知杭州。
此後，他在不斷受到攻擊與誣陷的情況下，輾轉於潁州、揚州、定州的地方官任所。
哲宗於高太后去世後親政，為了表明自己的主見與權威，又把時局倒轉過來，宣佈繼承神宗的一套，起用自稱維護新法的官僚，打擊“舊黨”。於是蘇軾又被列入懲處之列，一貶再貶，最後貶到嶺南、海南島。直到元符三年（1100）宋徽宗即位，大赦元祐舊黨，他才北歸，次年到達常州。由於長期流放的折磨，加上長途跋涉的艱辛，他於此一病不起。有詩文集《東坡七集》，詞集《東坡樂府》。
蘇軾在北宋中期多年的政治鬥爭和權力傾軋中，一直扮演著一種奇怪的角色。正如他的侍妾朝雲說他“一肚皮不合時宜”（費袞《梁溪漫志》），無論舊黨還是新黨上臺，他都不討好。但正是在這裡，反映出他的為人品格的一個基本方面。
蘇軾從小研讀經史，受儒學理想影響較深，“奮厲有當世志”（蘇轍《東坡先生墓誌銘》）。他的一生中，對國家的政治事務，不管其見解是否正確，總是敢於堅持自己的意見，“盡言無隱”（《杭州召還乞郡狀》），“不顧身害”（宋孝宗《御製文集序》），不肯做圓滑的官僚，不盲從，不徇私，始終保持黑白分明、表裡如一的精神。在地方官任上，他也始終關心民間疾苦，努力興利除弊。作為一個富於社會責任感計程車大夫，他具有堅定執著的品格。
而另一方面，經歷多年宦海風波和人生挫辱的蘇軾，也清楚地看到政治鬥爭中不可避免的陰暗、卑瑣和險惡，感受到人生的無奈。他因此從老莊哲學、佛禪玄理中追求超越的解脫，他把老莊哲學從無限的時間與空間的立場看待人生的苦難與歡樂及世間是是非非的觀照方法，與禪宗以“平常心”對待一切變故、順乎自然的生活態度結合起來，求得個人心靈的平靜。當種種不幸襲來之時，他都以一種曠達的宏觀心理來對待，把這一切視為世間萬物流轉變化中的短暫現象；他不願以此自苦，而更多地在“如寄”的人生中尋求美好的、可以令人自慰的東西。譬如他被貶到當時為遠惡之地的嶺南時，吟道：“日啖荔支三百顆，不辭長作嶺南人。”
（《食荔支》）正是這種人生態度的表現。毫無疑問，蘇軾上述心理中實際蘊藏著比一般直接流露的悲哀更深沉的悲哀，包涵著自我麻醉、苦中作樂的成分，這種心理使他的文學創作削弱了激情的強度，但同時也要看到：這不僅是時代文化的產物，而且畢竟表現出在更為高遠的立場上觀照社會與人生、處理個人不幸遭遇的宏達情懷。
蘇軾的朋友、詩僧參寥在《東坡先生輓詞》中寫道：
峨冠正笏立談叢，凜凜群驚國士風。卻戴葛巾從杖履，直將和氣接兒童。
正是從兩方面歸納了蘇軾的人格精神。他既嚴正又平和，既堅持了士大夫積極入世、剛正不阿、恪守信念的人格理想，又保持了士大夫追求超越世俗、追求藝術化的人生境界與心靈境界的人格理想，把兩者融為一體，巧妙地解決了進取與退隱、入世與出世、社會與個人那一類在士大夫心靈上歷來相互糾結纏繞的矛盾，並在其文學作品中加以充分的表現。蘇軾為後來在類似社會條件下生存的文人提供了一種典範，因而獲得他們普遍的尊敬。
二、蘇軾的散文創作
在論及蘇軾的散文創作時，首先要注意到他的文學思想與北宋文學變革運動中其他人有顯著不同的地方（這不僅與散文有關）。當然，在表面的基本原則上，蘇軾與歐陽修是一致的；他在為歐陽修《居士集》所寫的序中，讚揚歐陽氏“其學推韓愈、孟子，以達於孔氏，著禮樂仁義之實，以合於大道”，又在《上歐陽內翰書》中批評五代“文教衰落，風俗靡靡”，都是強調“明道”和“致用”這兩條。但實際上，蘇軾並不把文章看成是單純的“載道”之具，並不認為文學的目的只是闡發儒家道德理念；他常用迂迴的方法，肯定文學在表現作者的生活情感、人生體驗和哲理思考方面的作用，肯定