。一方面，以東南地區為主的商品經濟繼續成長並向其他地區延伸，不但傳統的紡織業、陶瓷業等興旺發達，有些富戶財產積累至上百萬（如沈德符《萬曆野獲編》所載蘇州以機房起家的潘璧成），不少地方的礦業、冶鐵業也發展到了相當的規模；另一方面，封建政權對商品經濟的壓制和掠奪也日益嚴重。萬曆時，由於內外用兵和營建宮殿，“國用大匱”，神宗派遣大批太監充當稅使、礦監，直接從民間工商業搜刮財富。水陸交通要道上，“層關疊徵”，稅使礦監胡作非為。在這種情況下，商人和手工業工人忍無可忍，多次發動了聲勢浩大的暴力反抗。萬曆三十年前後的幾年中，湖廣驅逐陳奉，山東臨清驅逐馬堂，蘇州驅逐孫隆，江西景德鎮驅逐潘相，都有數千甚至數萬人參加，許多人為此犧牲了生命。
在農村地區，自明中期以來的大規模土地兼併現象也日益嚴重。在這方面，最高統治階層同樣表現得最為貪狠。宗藩莊田，動輒數萬頃，如福王朱常洵封於河南，一次賜田四萬頃（後改為二萬頃）。大官僚、鄉紳也都求田問舍而無底止，佔田上萬畝乃至數十萬畝者尋常可見。這既使得大量農民失去土地，成為佃農或遊民，同時在士紳階層內部，也造成財富聚散無常的現象，一個官宦之家如果其子孫未能進入仕途，原有的家產很快就會被新興的權勢者侵奪殆盡。社會因此而變得日益動盪不寧。
以政治權力為物質佔有的主要依據，這原是封建專制制度的一般特點。但這種佔有必須是有節制和有章可循的，才能保障社會秩序的穩定。而明代中後期，由於社會財富的急劇增長，由於“富民”的大量出現，權勢與財富大致相對應的社會結構已遭到嚴重破壞（從小說《金瓶梅》中可以清楚地看到這一點，作為富商的西門慶對寒酸的文官常嗤之以鼻）。權力階層當然不甘心於此，他們憑藉權力佔取超常財富的慾望不斷膨脹。這樣，由他們所承擔的國家政治機能自然受到破壞，使得國家機器因腐敗而失去它的有效性。所以，明王朝所面臨的，是一種政治制度與社會發展不相適應的根本性危機。儘管萬曆初年由張居正所主持的改革，在整頓財政、賦稅和吏治方面起了一定效用，在短期內挽救了王朝的崩潰之勢，卻既無法從根本上解決問題，也難以在張氏去世後維持下去。最終，由於政治腐敗和大饑荒所激起的農民起義，加上關外滿洲軍事集團的壓力，摧垮了明王朝的統治。
在明代後期這樣複雜的社會矛盾中，思想界的鬥爭也顯得格外尖銳。這時，以抑制人性、否定人慾為主要特徵的傳統道德，已經在極大程度上失去了它的號召力和真實性。它既不為統治者自身所遵行，更不為市民階層和受到商品經濟薰陶的文化人所信奉。它僅僅是強加於社會的統治力量和封建統治的道義合理性的說明。而社會本身的歷史性進步，已經到了對這種舊的價值體系從根本上提出挑戰的時候。
於是就出現了傑出的啟蒙思想家李贄。李贄的學說，吸收了王守仁學說（尤其是王學中王畿一支）和禪宗思想的若干成分，但遠不能為這兩家所包容。和王守仁主要站在統治階層內部進行道德調整的出發點不同，李贄的思想鮮明地代表了社會變革的要求。作為中國古代第一個對封建時代的統治思想提出全面批判的人物，李贄的學說主要包含這樣一些內容：首先是比前人更為徹底的反權威精神。他說：“夫天生一人，自有一人之用，不待取給於孔子而後足也。”（《焚書·答耿中丞》）表現出反對偶像崇拜、要求尊重個性和個人權利的態度。他還輕蔑地評說六經和《論語》、《孟子》，說這些書要麼是史官、臣子的過分褒美，要麼是迂闊懵懂的弟子的胡亂記錄。這種空前大膽的言論，不僅具有打破奴化教育和思想禁錮的意義，而且提出了從根本上擺脫對歷史“元典”的依賴而重新建設社會思想文化的要求。其次，李贄對物質生產相當重視。他認為工商業者開採礦藏、販運貨物，都是對社會對個人有益的事情，說不上什麼“可鄙”。與此相聯絡，李贄對人慾表示充分的肯定，反覆論說追求物質享受、好色好貨、為自身謀利益是人的天性，是合理的要求。在他看來，一切脫離個人物質追求的高深道理，全是虛偽的空談。這實際上揭示了私有制社會中最根本的事實，也提出了在這種社會中建立合理可行的道德的基礎。而對於禁慾主義，對於假道學，李贄的抨擊不遺餘力，其言辭之犀利，是歷來所罕見的。另外，他對婦女，也有比較平等的態度。譬如他指出：婦女的所謂“短見”，是因為她們的生活受到限制的結果。
李贄的思想及其表述方式，有著中國文人向來所缺乏的深刻、尖銳、透徹