卻說舜帝登上宮殿，兩班文武大臣朝賀行拜舞之禮完畢，是這樣的景象：
金殿當頭紫閣重，仙人掌上玉芙蓉。
太平天子朝元日，五色雲車駕六龍。
舜帝召見禹對他說：“如今天下地上，方圓八千多里，到達荒服之地，向南安撫交趾，向西抵達崑崙，向東遠至島夷，向北到達戎狄，四海之內，如今雖然都有記載，朕頗為無憂。但是如今洪水成災，先帝曾命令你的父親治理，沒有功勞而獲罪至極。朕常常想要得到一個人來治理，來拯救蒼生，這是為萬民立下莫大的功勞，可惜沒有得到這樣的人。朕觀察你的才能德行，可以擔當這個重大的任務。希望你不害怕辛苦勞累，把萬民從水火之中拯救出來，不知道你是否願意慷慨擔當？”禹聽到舜帝的話，流淚叩頭說：“我的父親辜負了先帝，自然應當獲罪。我每每想到這裡，沒有不三次嘆息流淚的。我本來沒有才能，承蒙君主委任，怎敢不奉命！願意捨身辦理國事，來報答陛下的知遇之恩，怎敢偷生貪圖安逸！”舜帝聽到禹的上奏，非常高興說：“朕有你這次行動，洪水不用擔心了。”命令設宴款待禹，親自賞賜御酒三杯，金花三朵，用笙簫鼓樂送出朝門。
禹謝恩領旨出發，百官都在十里之外餞行。一路上看到洪水滔天，禹感傷父親鯀治水不成功而被誅殺，於是勞身苦思。第二天升帳，下令購買置辦祭祀物品，虔誠禱告說：
禹本是一個普通人，承蒙君主委任，疏通洪水，來拯救萬民。如今準備祭祀物品，祈禱各位上神神靈憐憫保佑。臣禹決不敢偷生懈怠，辜負君主的恩德，損害百姓的財物。如果有不專心的地方，願神天降懲罰。
禹祭祀完畢，散發了祭祀物品。一夜輾轉不能入睡。到三更時分，夢見一位神人身披絳繡，手握一冊，自稱玄夷使者，對禹說：“上帝嘉獎你一心為百姓，所以讓我到這裡，授予你治水的經書。江、河、淮、漢、伊、洛、瀍、濉、汝、濟、泗、瀆、涇、渭，凡是所屬地方的水，都依照這本書來治理。黃帝有《水經》，藏在宛委山（紹興）。北方的治理完成後，然後治理南方。你可以登上宛委山，取得這本書。”說完就離開了。禹醒來，感覺有書冊在手中，取火觀看，都是紅色的篆字。
第二天早上升帳，吩咐左右，各自準備鋤鍬使用。下令說：“從帝都開始開通九州（青、徐、荊、揚、兗、豫、冀、雍、梁），用繩子牽引標準，作為規矩，不致使其錯亂。其次疏通九州的水道（弱、漢、江、河、淮、泗、濟、洛、汭），測量九山（會稽、衡、嵩、嶽、岱、沂、華、霍、恆）。陸路乘車，水路乘船，泥路乘橇，山路乘檋（把鐵錐放置在鞋底下，上山不會跌倒）。”禹治理江北的諸多水流，都不是十分費力，只有淮水治理起來非常困難。
一天，前往淮水岸邊檢視地勢，看到一個水怪形狀像大樹，長十多丈，身體像黑漆，它的聲音戛戛作響，浮在岸邊，用身體觸碰岸邊，岸邊都因此崩塌。禹召集本地的父老詢問，老人說：“這叫支期巫，當天陰的時候就沉浮出沒，掀起怪浪高數丈，毀壞百姓的房屋。”禹於是命令士兵數千，都拿著強弓硬弩，等它出現，登上高處射擊它。第二天這個怪物果然浮出水面，士兵都登上山射擊它，箭密集如雨，支期巫死在水中。禹看到水怪已經除去，下令三軍動工挖掘壕溝。只見水流洶湧澎湃，越過岸邊數丈。三軍紛紛逃散。看到一隻獸行走在水面，往來如飛，沒有耳目，八首八足。禹詢問各位父老，都不知道叫什麼名字。也命令士兵射擊它，沒有一箭射中。禹嘆息說：“天啊這是讓我不能成功，大概是讓這些百姓長久地和魚鱉為伴了！”悶悶不樂不已。
這天夜裡又夢見玄夷使者對他說：“這是天吳，不吃東西不會死，千年才死。我為你召喚庚辛之神來治理它。但需要用鐵門四扇輔助，各長八尺，寬四尺，厚一尺。鐵柱十六根，長一丈，各重八百斤。鑄造好沉入水底，讓一千士兵齊聲呼喊，‘雕其骨，刻其脂，戕鑼戕鑼，委渚為夷。’仍然鳴金擊鼓，來助長庚辛之神的威風，等到波浪平靜就停止。”說完就離開了。禹記住他的話，命令軍人按照方法鑄造鐵門鐵柱，沉入水中，敲鑼打鼓吶喊的聲音，傳到一百多里之外。只見陰雲四處密佈，怪風波浪拍打不停。不一會兒雲開浪息，禹下令停止鑼鼓，分撥疏通，十天就完成了。
禹非常高興，到岷山，疏通開鑿江流。到白帝城，看到那裡懸崖峭壁，水門狹窄。命令軍人用火焚燒，打不開。工人說：“不能做。”禹說：“岷山周圍千里，只有這一條通道，如果不安置水流，它的危害比淮河的水還要大。