福建固然重要，但在清廷眼中，最擔心的還是明軍攻入江西、浙江，動搖江南的統治。除了一些拿不上臺面的陰謀詭計外，清廷也作出了緊急的應對。“平南將軍”都統貝子賴塔赴浙江、“定南將軍”希爾根赴江西，另以杭州、鎮江水師分防海口，貝子傅喇塔為“寧海將軍”，赴福建，共同防剿明軍。
明軍的攻勢並未因為鄭軍的退出而有所放緩，水陸並進，直指福州。招降納叛，新兵補充，明軍的兵力非但沒有因為佔地多而減少，反而有所擴充。特別是水師，吸收了降清的原鄭家兵將，吸收了大量的沿海漁民，又繳獲了很多的船隻，實力增長更為顯著。
早已組建的長江水師終於可以按計劃行動。兩百餘艘中小型艦船，裝載著兩千水手，三千海軍陸戰隊官兵，五千枝燧發火槍及彈藥，數百門大小火炮，由廣州出發，沿岸而行，直駛長江入海口。
而海軍則兵分兩路，一路由總指揮鄧耀率領，進逼福州海面；一路由楊彥迪率領，前往杭州、鎮江海口襲擾，牽制浙江清軍。
整個戰略佈局此時才算完全展開，充分發揮水師的作用，更進一步地聯合其餘的抗清力量，成為這一戰略的宗旨。鄭軍暫時息鼓，而十三家，得到長江水師相助後，必將展示出更強的戰力，牽制住更多的清軍。佔據大小梅嶺的李嗣興所部，在得到兵員和武器的補充後，也將對江西清軍展開新的攻勢。
也就是說，當清廷專注於閩省戰局時，明軍卻在其他地方也醞釀著猛烈的攻勢。清廷錯估了形勢，錯估了南明政府聚斂錢財的能力，錯估了明軍擴充及裝備的速度，錯估了南明治下民眾的熱情，錯估了暴政下百姓蘊含的反抗情緒。
甘陝出精兵。當經營商洛，以取天下。江南固然糧多財賦多，然長江寬闊，沿江佈防則兵力受制。難以再動用大軍攻掠他處。
晉王李定國的來信說的便是如此內容，雖然委婉，但還是表達出了對目前明軍主攻方向的不同意見。
或許是因為專力於東征，武器裝備和人員兵丁向四川補充的速度緩慢的原因，才招致了李定國的些許不滿吧？朱永興揣測良久，方才提筆書寫回信。
李定國的擔心並不是沒有根據，朱永興便知道後世太平天國的敗亡之事。但其中的原因絕不是佔領南京那麼簡單，而成功的例子也有，朱元璋就是其一。太平天國失敗的原因很多，*、內訌、用人不當等等。而佔領南京後忘乎所以，在沒有建立鞏固的江南根據地時，便匆忙分兵北伐、西征，更是一個重要因素。
說到底，晉王李定國還是沒有意識到水師的舉足輕重。有了強大的水師。沿江佈防的無奈和苦惱，應該是清軍才對。若以南京為中心，上取武漢、九江、安慶，下取上海、蘇、杭，穩固之後再揮師北伐，建立劉邦、朱元璋那樣的功業，便是大有希望的。
朱永興詳細地解釋了自己的想法。並列舉了一些資料，表示東征的時機很好，民眾的熱情極高，軍隊得到了很大的擴充和加強。當然，他也再次陳述了四川的重要性，以及將來出兵甘陝的決心。並且對以後的人員、武器、物資繼續大力支援四川，作了承諾。
其實對於四川的支援，朱永興一直沒放鬆。武器裝備的供應雖然放緩，但茶馬互市所得到的好馬，幾乎都調拔給了四川駐軍。迄今為止已經不下三四千匹。而且，朱永興還給予了政策支援，土地票在湄公、河仙只是兩倍兌換，卻給了四川五倍的傾斜，以吸引移民前往。
思索了片刻，朱永興又陳述了調遣長江水師支援十三家，增強對湖廣及長江下游地區威脅的行動，並詢問四川駐軍是否有能力東進，以便牽制重慶清軍，對十三家形成策應。如果時機合適，兩家還可以東西夾擊，攻取重慶。
語氣是平和的，坦陳相告，沒有藏掖，更象是兩個人在談心。朱永興努力用這種方式打消晉王李定國的疑慮，或者說，是安撫四川駐軍將士的情緒。
不只是晉王李定國送來了書信，將馬雄從賀州打跑的敘國公馬惟興也來信請戰，要求攻打桂林，解決孫延齡。
朱永興明白請戰諸將的心思。東征以來，馬寶和李嗣興等將領建功赫赫，屢獲封賞，馬寶更是晉為一字王，這難免讓別人看著心癢眼熱。
但明軍是否具備四面出擊的實力呢？考慮到彈藥物資的供給和消耗，朱永興認為還不能如此冒進，如此忘乎所以。在一個或兩個方向上保持主要攻勢，其他方向則牽制策應，物資、人員調配比較從容，也最為穩妥。
況且，攻打孫延齡並不是能力允不允許的問題。之前雙方