，襲擊西軍的正實坊並攻進將軍府，佔領室町幕府，控制了將軍和足利義視以及天皇，而日野富子和足利義尚則投奔了西軍，雙方各以自己的府邸為本陣在京都佈陣。根據記錄，東軍兵力多達16萬，西軍則多達11萬。
開戰之初，作為“官軍”的東軍主動出擊，而兵力未集的西軍初戰不利，京都無數的寺院被燒為灰燼。東軍在初期表現非常英勇，他們要一雪御靈神社合戰的恥辱，個個勇往直前。西軍方面賴有朝倉孝景發揮一流古惑仔的實力，一夫當關，方能保持不敗。
雙方在京都的戰役讓京都損失慘重，七月，大內政弘到達京都，這才使西軍的局勢改觀，此時，一個戲劇性的事件發生了。原本為細川所支援的足利義視突然在是年八月出奔伊勢投靠北畠教具。原因很簡單，細川勝元曾經在武衛家騷亂後流放了伊勢貞親，但在此時，將軍義政卻把伊勢貞親招回。貞親是義尚派的，他的迴歸是義尚派得勢的訊號。義視此後雖然被細川勝元勸回，但又再度出奔比山。將軍嗣位問題為之一變：東軍擁護義尚，成為幕府方官軍，西軍轉而擁護義視。中央的戰亂擴大到關東、東北、九州、四國等地，加上大饑荒以後的民變，終於釀成了全國性的大*。
文明三年（1471），西軍大將朝倉孝景轉投東軍，原因是被幕府以越前守護之職誘惑。這對西軍來說是一個致命打擊，導致西軍元氣大傷。
文明五年（1473），東西軍的精神領袖山名持豐和細川勝元先後死去。在戰亂多年以後，雙方都沒有再戰的慾望。次年，雙方的繼承人細川政元和山名政豐講和，西軍部分將領宣佈歸順幕府，到文明九年（1477），西軍將領大內義弘為日野富子所賄，返回屬國，西軍事實上解體，足利義視逃亡美濃。幕府在是年十一月召開“天下靜謐”慶祝宴會，標誌著應仁之亂落下帷幕。
事實上，這樣的結局根本不值得慶賀。在這場十年戰亂中，京都化為一片焦土，連將軍宅邸花之御所也化為廢墟。由於眾多守護大名集合京都混戰，地方上以“守護代”為代表的武士勢力開始強大。損失最慘重的莫過於幕府，幕府的優柔寡斷是引起戰亂的主要原因，因此威信全失。饑荒和戰亂還導致了大量的莊園公領地破產，莊園公領制此後陷入了完全的崩潰。地方上，領地國人、商人、自治團體紛紛趁亂而起，一個以下克上的亂世開始了。
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同時代的世界與日本（1）
一、天主教的曇花
15—16世紀的世界正處在大變革的時期，這是世界歷史上最為重要的轉折時期。歐洲的中世紀正在走向尾聲，西歐人的視野正在前所未有地擴充套件，經濟、政治、文化等方面都發生了鉅變。東歐的俄羅斯則在彼得大帝和葉卡捷琳娜女皇的統治下迅速崛起。在亞洲，中國的大明帝國正在從強盛走向衰落，南亞新興的莫臥爾帝國正欣欣向榮，西亞的奧斯曼帝國也在蘇里曼大帝的領導下步入強盛。
1534年，在抵制宗教改革的運動中，天主教成立了耶穌會，這個宗教團體對天主教的東傳起到了重大的作用。也正是天主教的東傳，使日本、中國等東方國家的歷史發生了巨大變化，其中，日本的變化更為激烈。
天主教能傳入日本，與西歐的變革息息相關。新航路的開闢和大航海時代的到來為歐洲人在日本傳教提供了可能。隨著教皇子午線和《託德西拉斯條約》的簽訂，西葡兩國走上了對外擴張的道路，成為在東方傳教的主角。
耶穌會是當時歐洲天主教傳教的急先鋒，他們試圖把天主教的福音傳播給世界每一個角落的慾望比當時歐洲任何一個宗教團體更為強烈。所以，耶穌會也當仁不讓地擔負起首先將天主教傳入日本這個東方島國的重任，而完成這一重任的，就是耶穌會創立者之一：方濟各·沙勿略（Francisco de X*ier，1506—1552）。
方濟各·沙勿略為西班牙人。1540年，他以國王欽使和耶穌會東方傳教團首腦的身份從葡萄牙出海前往東方，在馬六甲遇見了流亡的日本浪人彌次郎，後者向他介紹了自己的祖國。於是在1549年，方濟各從印度的果阿起程前往日本，同年8月抵達日本最南端的鹿兒島，透過彌次郎見到了當地的大名島津貴久，併成功獲得了島津的傳教許可。事實上，島津貴久對天主教的興趣更多地集中在和“南蠻人”（日本稱從東南亞轉來的葡萄牙人等西方人為南蠻人）貿易的巨大利潤上，所以他對“南蠻人”的傳教士也加以禮遇。方濟各得以在九州南部開展傳教工作，