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事情到此本應完結，但民間傳說發揮了想象力，說此時真的建文帝“適有南歸之思”，就向地方官講出實情。御使密奏朝廷，將一干人送往京師。朝廷派曾服侍過建文帝的老宦官吳亮辨別建文帝真偽。建文帝見到吳亮就說：“汝非吳亮耶？”吳亮說：“非也。”建文帝說：“吾昔御便殿汝尚食，食子鵝，棄片肉於地，汝手執壺，據地狗餂之。乃雲非耶？”吳亮伏地而哭。建文帝左腳趾有黑子，吳亮摩視之，抱著建文帝的腳，哭得不能仰視。由於羞愧，吳亮退而自經死。於是建文帝被迎入西內。跟隨建文帝雲遊的程濟聽到這個訊息說：“今日方終臣職矣。”就前往雲南焚燒了庵廟，遣散了徒眾。建文帝入宮後，宮人都稱他為老佛。後來，建文帝以壽終，葬於西山，不封不樹。
讀了類似的記載，我們感到人們是在精心編織著故事，惟恐發生漏洞，不能自圓其說。即使如此，我們還是看到這些記載有很多矛盾、歧異。
比如，《建文皇帝遺蹟》（即《備遺錄》）說建文帝歸來在宣德元年（1426年）丙午孟春。“少帝自江南來歸京師”，且自稱“吾今年七十餘”。（按，如建文帝不死，當年應為四十九歲）建文帝與老宦官見面時，說的是另一番話：“吾於七夕之時，賜桃實三枚與爾。爾匍匐階下，食其一，以懷其二。吾問爾藏之由，爾對曰：‘臣有父老在家，欲懷此以獻。’吾嘉爾孝，復賜五枚。今頗憶此否？”老宦官忽覺悟，遂抱持大哭。於是一時故臣都來看望。在建文帝身份得到證實後，宣宗命將其“厚養於諸王館中”。但不久，“一夕暴卒”。後“以公禮葬於郊外”。
祝允明《野記》，也有大致相同的記載。郎瑛《七修類稿》則說：建文帝“竟葬西山，樹碑曰‘天下大法師之墓’”。
所謂葬於北京西山，是指今北京阜城門外的海淀區內，據說就在今西三環路內的中國畫研究院裡。院裡的白塔庵塔，就是建文帝安葬後建的衣缽塔。
關於建文帝的下落的說法特別多，幾不勝數。
▲建文帝先隱藏於江蘇吳縣普濟寺，後經姚廣孝幫助，隱藏於穹窿山皇駕庵，死後就葬在穹窿山上。
▲建文帝曾藏在四川平昌佛羅寺，死後就葬在寺後山坡上。因建文帝經常在寺中面向京城哭泣，後人就將平羅寺改稱為望京寺。
▲建文帝從雲南大理逃到四川宜賓越溪河，隱居於隆興，死後葬在隆興的地下塔林（俗稱空山，鑿空山地而建墓）。甚至傳說清康熙帝也曾來到越溪查訪建文帝的遺蹟。
▲雲南武定獅子山，相傳建文帝曾在此山正續禪寺駐錫。寺中現有惠帝祠閣，閣內彩塑三尊僧像，中間一尊身披袈裟，背靠龍椅，據說就是建文帝像。像為清康熙初年所造。龕額書“明惠帝”三字。閣前對聯寫道：“僧為帝，帝亦為僧，數十載衣缽相傳，正覺依舊皇覺舊；叔負侄，侄不負叔，八千里芒鞋徒步，獅山更比燕山高。”據說寺內的乾坤雙樹、龍鳳翠柏、月潭潛龍等十餘處景物都與建文帝有關。
▲重慶市的龍興古鎮，相傳建文帝曾在此地的龍藏寺為僧，“龍興”亦因此而得名。
▲重慶市瓷器口寶輪寺，相傳建文帝曾隱居於此。後人因將所在的白巖山改稱為龍隱山。寶輪寺也就稱為龍隱寺。
▲江西上饒玉山縣三清山上有一座三清宮，據說建文帝化名為全真道人詹碧雲，曾隱居於此，“明冶山碧雲藏竹之所”就是建文帝的墓。
還有，既然建文帝沒有被燒死，又在各地生活了數十年，留下後代也是可能的。清初人查繼佐記載的傳說中就有此一說。
查繼佐《罪惟錄》卷三十二“建文逸記”記載說：“建文帝攜一子至浦江鄭氏家，後又納一妾，生四子”。“走住福州雷峰寺。三保（即鄭和）下洋過之，拜泣於地，為之摩足，帝微囑三保舉事。泣不能對，別去”。又有傳說建文帝逃出宮後，雲遊四方，晚年隱居於武昌，死後葬在武昌洪山。建文帝改名為讓鑾，暗喻出讓鑾輿，子孫便以讓為姓。近有讓姓後人出示《讓氏家譜》，據此推斷湖北讓姓為建文帝的後代。最