推遲這樣一種對立。美國外交上的這一政策與美國對戈爾巴喬夫對喬治亞和亞塞拜然的鎮壓不大關心的態度形成了強烈的反差，因為在戈爾巴喬夫在國內使用武力的問題上，美國新聞界、國會和總統內定了一條界線，即美國對波羅的海共和國問題的態度有別於對其他共和國問題的態度。這一點可能對戈爾巴喬夫起了作用。
這年的秋季徵兵工作在幾個共和國都遇到了阻力，尤其在波羅的海地區，並最終演變為蘇聯對立陶宛進行軍事幹預的藉口。1991年1月7日，蘇聯國防部宣佈將向幾個波羅的海共和國、摩爾達維亞、亞美尼亞和喬治亞派駐空降兵，以加強那裡的徵兵工作，但最終只向立陶宛部署了部隊。同一天，波羅的海軍區司令庫茲明弗奧多爾上將向所有三個波羅的海共和國的領導人發出了最後通牒，讓他們不要干預部隊的進駐。他還告訴他們，亞佐夫元帥已敦促他們在1月13日之前加強徵兵工作。這一行動沒有嚇住三個波羅的海共和國中的任何一個，它們明白將面臨蘇軍摧毀它們的民族主義政權的可能性。
接下來的事件是，1月11日立陶宛民族拯救委員會悄悄地宣佈成立，其發言人是朱扎斯傑馬拉維希爾斯。傑馬拉維希爾斯拒絕透露委員會成員的名單，只是宣佈該委員會正在奪取政權。同一天，蘇軍部隊佔領了維爾紐斯的新聞中心和國防部，打傷了幾個人。第二天，維爾紐斯衛戍司令弗拉基米爾烏斯霍普契克少將向新聞界宣佈，這些行動都是按照戈爾巴喬夫的指令實施的。
最後，1月13日，立陶宛民族拯救委員會譴責廣播電臺和電視臺進行反蘇宣傳，呼籲烏斯霍普契克採取行動。烏斯霍普契克照此做了，部隊佔領了維爾紐斯電視塔，透過高音喇叭宣讀了該委員會的宣告。部隊進入時遇到了電視塔周圍一群手無寸鐵的平民的抵抗，在接下來的行動中打死16名立陶宛公民，打傷數百人。這一悲慘事件為西方記者親眼看見，並被錄了像，對此情況蘇軍是無法像在巴庫那樣進行抵賴或歪曲的。
然而就在第二天，戈爾巴喬夫開始賴賬了，聲稱暴亂完全是由當地部隊指揮官發動的。亞佐夫試圖為烏斯霍普契克辯護，譴責立陶宛政府透過充滿激情的反蘇宣傳向他進行挑釁，但亞佐夫的聲音是微弱的。蘇聯聯邦委員會向維爾紐斯派出一個代表團，與民族拯救委員會成員舉行會談，但民族拯救委員會一位未透露姓名的成員在機場會見代表團後，很快就離開了。從此，這個像鬼一樣來去無蹤的委員會就銷聲匿跡了。
這段時間，愛沙尼亞躲過了嚴重的暴亂，但拉脫維亞卻未能倖免。雖然蘇軍對立陶宛的軍事幹預停止了，但1月20日內務部特種部隊——所謂的“黑色貝雷帽”，即“執行特種任務的民兵支隊”襲擊了里加的內務部大樓，打死四人，打傷十人，傷亡者大部分為記者和平民。這是這個月裡內務部特種部隊發動的一系列小規模行動中的最後一起。
列別德曾精闢地總結過戈爾巴喬夫當時的行為模式：形勢惡化→戈爾巴喬夫舉棋不定→克格勃和內務部無效地忙碌，然後依賴國防部的公式“空降部隊＋軍事運輸航空兵＝蘇聯政權”，最後在軍事行動失敗或過於殘忍引起強烈反應後，將責任推給地方黨的官員和軍隊指揮官。同阿拉木圖、第比利斯和巴庫事件一樣，軍事幹預維爾紐斯是這一模式的合乎邏輯的發展。國防部的公式之所以在維爾紐斯失靈，有這樣幾個原因。第一，雖然蘇聯在其他幾個共和國的計謀得逞，但立陶宛的獨立運動較之其他幾個共和國要成熟得多。第二，西方媒體對所有三個波羅的海共和國的關注程度比對其他蘇聯加盟共和國要大得多，因此，不僅布什總統，而且其他幾個西方國家的領導人也懇求戈爾巴喬夫不要干預那裡的新政權。第三，沒有人相信倒黴的烏斯霍普契克少將是擅自採取行動的，戈爾巴喬夫把這一罪名強加於他是愚蠢的。第四，各級軍官的態度也發生了變化，據說一些空降部隊的指揮官在接到將他們的部隊開進波羅的海共和國的命令時畏縮不前，還有一些部隊數次拒絕將槍口對準老百姓。在對付反叛的政治運動和群眾示威活動中，只有內務部的特種部隊和一些克格勃部隊還值得信賴。第五，在這次不成功的軍事幹預行動中，發生了一件頗有預兆意義的事情。在此之前，軍事幹預矛頭所指向的共和國領導人都是獨立奮戰的，莫斯科的政治人物從來沒有向他們提供過有力支援。但在立陶宛的獨立運動中，情況就不一樣了。莫斯科的政治人物鮑里斯葉利欽不僅於1991年1月訪問了該地區，而且透過無線電廣播發表講話，呼籲在立陶宛的蘇軍士兵不要支援這次干預行動。他