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四月廿二清晨，惱怒的秀吉親領大軍追至府中城下。秀吉決定親自入城勸利家歸降，眾將連忙勸阻，秀吉笑道：“寡人與利家乃兒時好友，前日賤嶽一戰，蒙其不戰而退，吾料定其必無加害之意，諸公不必擔憂。”秀吉打馬入城，會見利家，勸其道：“賤嶽一戰，公不戰而退，致全線崩潰。勝家並未責怪，實乃以公禦敵爾。鳥盡弓藏之事，古已有之。日後勝家重翻舊賬，公悔之晚矣。如今勝家如喪家之犬，時日不多矣。公不若獻城，與秀吉共謀大計。”利家道：“公豪氣萬丈，敵前單刀赴會，利家深感欽佩。自此，唯公馬首是瞻耳。”府中城不戰而落，利家主動請纓追殺勝家。金森長近、不破勝光等柴田氏重臣也獻出人質請降，秀吉大喜，使諸降將仍領舊地。
翌日，前田利家所部作為羽柴軍先陣，包圍了勝家本城——北之莊城，城內兵力僅三千餘眾。勝家勇猛一世，卻落得英雄末路，也只有斷頭顱一條路可走。勝家信守承諾，將利家之女交予羽柴軍中，又勸說嬌妻市姬逃出城外，但市姬不願再次因失去夫君而苟活，決意殉夫，僅將與淺井長政生的三個女兒茶茶、阿初和阿江送出城去。茶茶姐妹被羽柴軍抓獲，並被利家保護起來。入夜，勝家一門及家臣八十餘眾共進最後的晚餐。廿四日午後三時，利家全力攻城，勝家與市姬進入天守閣*，勝家時年六十一歲，阿市三十六歲。不久，北之莊城陷落。茶茶姐妹於遠處望見燃燒的天守閣，淚流滿面，泣不成聲。
佐久間盛政、柴田勝敏逃亡後被農民俘虜，獻予秀吉邀賞。秀吉謂盛政道：“盛政公勇猛過人，如若歸降，可領九州肥後之地”，盛政笑道：“吾雖一勇之夫，卻全無智謀。九州乃島津氏領地，汝欺吾不知否？信長、勝家二公待吾恩重如山，豈可背之。”於是英勇就義於京都，時年二十九歲，柴田勝敏也於佐和山城被斬首。柴田勝豐於賤嶽合戰前便已病逝，柴田勝政死於賤嶽亂軍之中。自此，柴田氏一族滅亡。不久，利家送茶茶姐妹到秀吉帳下。愛美之心，人皆有之。秀吉雖然形象猥瑣，貌如枯猴，但也不例外，一直對美女市姬報有好感，於是愛屋及烏，將三女收養。
聞知勝家已死，織田信孝和瀧川一益先後向秀吉請降。秀吉見到信孝後怒不可遏，罵道：“反覆小人，前日饒爾不死，爾卻不思悔改，趁寡人不備，舉兵謀反。今日竟恬不知恥，前來請降，如不殺爾，天理難容！姑念爾乃主公後嗣，赦爾全屍，切腹去吧。”
四月廿九，信孝身著白服，跪坐於席上，仰天咒道：“猴子，爾殘害先主後嗣，必遭天譴，不得超生！”隨後切腹自盡，時年二十六歲。瀧川一益僅被沒收伊勢領地，降封南近江五千石。
自本能寺之變至勝家兵敗自盡，一年多的時間，秀吉已接管信長生前的全部家業，掌管分國二十有餘。為鼓舞軍心，秀吉褒獎賤嶽合戰中的有功將領：福島正則居功至偉，受封五千石；片桐且元、加藤清正、加藤嘉明、平野長泰、脅坂安治、糟屋武則，受封三千石以上的領地，後世統稱此七人為“賤嶽七本槍”。石田三成、大谷吉繼等也在作戰中表現突出，這批年輕將領日後成為秀吉統一天下的股肱之臣，也成為他侵略朝鮮、覬覦明朝的馬前卒，此事後文再表。
眼見天下霸主的桂冠落到秀吉頭上，各路大名自然不肯罷休，為扼殺其於搖籃之中，三河的德川家康、四國島的長宗我部元親、柴田勝家僅存的舊部——越中的佐佐成政、紀伊的雜賀眾和根來眾等各地豪強組成了包圍網，一起對付秀吉。
天正十一年（1583）九月初一，秀吉開始在攝津的石山本願寺廢墟上修築新城——大坂城。當時人們深信佔領這塊土地即意味著征服全日本乃至全世界，秀吉的野心昭然若揭。大坂城地勢險峻，大和川、澱川既給城中提供充足的水源，又可作為天然屏障。城牆由大石條築成，共分三層，最外圍有防禦工事保護城下町，城外還有三道護城河。大坂城工程浩大，以至秀吉過世時還未完成。
當年底，秀吉要求各城主到剛開始修築的大坂城向其道賀。織田信雄接到秀吉詔令後，氣惱萬分。在他看來，秀吉本是織田氏家臣，如若晉見秀吉，無異於承認自己的從屬地位，前日信孝被迫自盡，或許下一個便是自己了。於是，信雄拒絕了前去大坂城的要求。
秀吉得知信雄拒絕道賀，決議及早除之，以絕後患。秀吉一面派池田恆興、蒲生氏鄉調停與信雄的緊張關係，另一面在近江的三井寺密會信雄重臣瀧川雄利、津川益冬、岡田重孝和淺井長時，威逼利誘四臣