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雖然戰敗了佐佐成政，但與家康的僵持消耗了秀吉大量的人力物力。於是，秀吉請出織田氏老臣丹羽長秀，讓他從中斡旋議和，但秀吉提出了苛刻的條件：信雄、家康、石川數正、酒井忠次的兒子作為秀吉的人質。家康此時雄心萬丈，哪肯接受此等條件？他斷然拒絕了和談。秀吉甚為惱火，決定先除掉信雄，斷家康一臂，再迫其入彀。
十月初二，羽柴軍攻打信雄所在的伊勢國。廿五日，為了增加對織田軍的壓力，秀吉親自出徵伊勢。信雄如熱鍋上的螞蟻，急得直轉圈兒，家康遠在小牧山城，根本無法馳援。秀吉見時機已到，便遣使向信雄議和，信雄忙不迭地答應了議和。十一月十五，秀吉與信雄在伊勢國桑名城以東的矢田川會面，簽訂城下之盟，信雄仍領舊土。自此，織田信長的後嗣全部臣服於秀吉。
聞聽信雄投降，家康驚得目瞪口呆，自己已斷一臂，而佐佐成政新敗，自己根本無法單獨與秀吉抗衡，只得提出議和。廿一日，德川軍從小牧山城撤回三河。不久，家康次子於義丸被送到大坂城，名為秀吉養子，實為人質，家康重臣石川數正之子也被送到大坂城為質。於義丸就是後來的結城秀康，在秀吉和家康的對外征伐戰中都有出色表現，但他也是德川家的悲劇人物，後文對他還有表述。
遠在越中的佐佐成政知道唇亡齒寒的道理，現已失去信雄，再失去家康，自己難以對抗秀吉。在聞聽家康欲與秀吉議和後，他決定親自勸說家康。臘月廿五，成政一行幾十人由富山城出發，冒雪翻越崇山峻嶺，攀過白雪皚皚的立山山脈，在相繼凍死十二人後，終於到達了浜松城。見到家康後才知道議和已成定局，成政只得惘然歸國，家康望著成政的背影，長嘆道：“吾二人相隔千里，怎能相互接應？即使聯盟亦無濟於事。”秀吉採用出色的外交手段，將包圍網撕開了一個大口。如今，已無人再能阻擋秀吉一統天下之勢。小牧山合戰使家康名聲大振，成為除秀吉之外的眾望所歸之人。
卻說根來眾、雜賀眾的領地紀伊國與大坂城近在咫尺，在與家康議和後，秀吉決定除掉這股時刻威脅自己大本營的敵對勢力。天正十三年（1585）三月初十，秀吉調兵遣將：先陣中村一氏率兵三千五百人，二番隊筒井定次、島左近率兵五千人，主力為堀秀政所部一萬人馬、高山重友所部一萬人馬、三好秀次所部一萬人馬、羽柴秀長所部一萬人馬、淺野長政所部五千人馬、桑山重晴率兵五千、細川藤孝領兵兩千、蜂屋賴隆所部三千、堀尾吉晴率兵三千、增田長盛領兵兩千、宇喜多秀家領兵一萬五千，秀吉本隊兩萬，總兵力達十萬，浩浩蕩蕩殺入紀伊。毛利氏也應邀出兵，配合秀吉攻打紀伊。小早川隆景率領毛利水軍，聯合小西行長、九鬼嘉隆、仙石秀久等從水路進攻。
根來眾與雜賀眾一樣，擅長使用火槍，其大本營在紀伊、和泉兩國交界處的根來寺，寺前有澤城、積善寺城、千石堀城三城防禦。羽柴軍先陣兵分三路，分別攻打三城。筒井定次所部用火箭攻擊千石堀城，真是湊巧，幾支火箭恰恰射中了城內的火藥庫，頓時爆炸四起。千石堀城雖然城牆堅固，有“第一堅城”之稱，但在火藥的連鎖爆炸下，立時四面火起，守軍被爆炸後的氣浪拋到空中，千石堀城迅即被攻陷，澤城、積善寺城也相繼陷落。羽柴軍隨後殺向根來寺，根來眾在首領津田監物的指揮下以火槍拼命抵抗，終因寡不敵眾，被羽柴軍殺敗。三月廿四，羽柴軍殺入寺內，津田監物被亂軍討殺，根來寺被焚燬，根來眾滅亡。
羽柴軍乘勝南下，進攻雜賀眾的大本營——太田城。雜賀眾的前首領雜賀孫一勸說新首領太田宗正投降，但遭到拒絕。秀吉盛怒之下，撥軍一萬，分別由堀秀政、長谷川秀一和前野甚兵衛率領，兵分三路殺向太田城。行至太田城附近的森林裡時，忽然地上火舌四起，炸聲如雷，羽柴軍嚇得四散逃竄，被炸死了五十一人。原來，雜賀眾發明了土製地雷，預先埋在森林中，只等敵軍前來送死。
秀吉聞聽敗報，對雜賀眾更是咬牙切齒。勘查地形後，秀吉笑道：“寡人可故計重施矣！”原來，太田城