和高松城一樣，修築於河川附近，地勢低窪，三面環山。三月廿六夜，秀吉動員近十七萬農夫，在城外修築了一道堤堰，將太田城圍住。四月初一，羽柴軍挖開河川，太田城頓成一片汪洋。更不幸的是，附近的雜賀城守軍被桑山重晴說降，吹上城也被攻陷。太田宗正見大勢已去，便答應向秀吉投降，但秀吉要求守軍的五十一顆人頭，以抵償被地雷炸死的羽柴軍士兵。宗正無奈，答應了條件。四月廿五，宗正等五十一名守軍切腹自盡，被大水浸泡了近一個月的太田城陷落，雜賀眾滅亡。
還在攻打太田城之時，秀吉便派仙石秀久進攻南紀伊，除湯川眾和熊野眾冥頑不靈，繼續與強大的羽柴軍作對外，紀伊其餘各豪強都望風而降。此時，正在努力統一四國島的長宗我部元親勢力不斷壯大，使秀吉很不放心。為了及早騰出手來對付長宗我部氏，秀吉與湯川眾和熊野眾議和。翌年，秀吉將其首領騙到大和國，全部殺害，遂將紀伊納入囊中。
第四十回 四國島元親霸業化泡影 上田城家康野心遭重創
且說因本能寺之變，原計劃進攻四國島的織田氏遠征軍撤向近畿，長宗我部元親大鬆了一口氣，於是趁此時機，繼續進攻十河氏。天正十年（1582）八月，元親率兵二萬三千人進攻十河氏本城——阿波的勝瑞城。十河軍五千餘眾出城迎敵，激戰了一整天，十河軍不敵，敗回勝瑞城，長宗我部軍被討殺六百六十人，十河軍則陣亡八百四十三人。九月廿一，勝瑞城被攻陷，十河存保喪失所有領地，狼狽逃出四國島，其它勢力皆望風而降。
正當元親躊躇滿志之時，壞訊息傳來：盟友德川家康已與羽柴秀吉議和，佐佐成政敗回越中，秀吉正在*根來眾、雜賀眾。元親深感以目前自己的實力無法與羽柴軍對抗，便遣使向秀吉請和。秀吉要求長宗我部氏退出伊予、祝��焦���掌湟簧�鋁τ諭騁凰墓�旱腦�自躉崬鷯Γ��闈客�餿貿鮃劣琛Ｖ爻脊戎頁穩霸�椎潰骸八墓�撕Ｍ飠牡海�鴆袷狹斕亓衫�皇��冶��缸悖��卸嗯漵刑�h，遠非吾軍所比。主公不若暫且忍耐，退出伊予、祝���Ｖね磷簟�⒉ǎ�僂擠⒄埂！痺�滋�蟠笈�潰骸骯訝誦量喟肷��奐�騁輝諭��窨梢蚰嗆鎰尤�粵接錚�愀┦壯瞥肌４�訝送騁凰墓�螅�唐淞旖掏磷粑涫恐��場！弊鈧眨�郊姨概釁屏選�
天正十三年（1585）春，長宗我部軍攻陷了伊予國中的最後兩城——湯築城和黑瀨城，西園寺氏和河野氏相繼投降。經過十年的艱苦奮戰，元親終於統一了四國島。正當元親把酒慶功之時，根來眾、雜賀眾被秀吉討滅的訊息傳來，元親不禁一震，秀吉的下一個目標將會是剛剛統一的四國島了。
儼然已是霸主的秀吉見長宗我部氏不聽號令，便邀請毛利氏一起出兵攻打四國島。毛利輝元早就對四國島垂涎三尺，曾多次插手島中事務，因織田信長的中國征伐戰而未能如願。此次，輝元得到邀請，自然同意出兵。同年六月，羽柴、毛利、宇喜多聯軍十一萬，出發攻打四國島，聯軍兵分三路：
東路：羽柴秀長從堺港出發，三好秀次從播磨出發，直搗阿波。
中路：宇喜多秀家進攻祝���
西路：毛利氏的小早川隆景、吉川元長攻打伊予。
元親見大兵壓境，立刻動員了四國島的全部兵力近四萬人馬，沿伊予、祝��焦�難睪５厙�擠潰�約呵茁釋磷艫牧�Ь�褡な刂卣虯椎爻牽�魑�茉け付印�
聯軍勢如破竹，其實力遠非長宗我部軍所比，大大出乎了元親的預料。羽柴秀長、三好秀次的東路軍迅速攻陷阿波國東海岸的木津城。宇喜多秀家的中路軍相繼攻陷祝��哪怖瘛⒏咚傘⑾鬮魅�牽�⑾蛑乇�蚴氐鬧蔡鋶強��Ｆ咴魯醯�≡鞝�【啊⒓�ㄔ�さ奈髀肪��至鉸罰�直鶇釉蠼頡⒂��旱鍬揭劣瑁��ソ鸌映牽�悄謔鼐�誄侵鶻鸌釉��鬧富酉攏�娑勻�蠣��缶�鬧刂匕�В�苡碌摯梗��遣喚怠Ｓ捎讜��衛磧蟹劍�釷馨�鰨�儺彰親苑⒆櫓�鴝遊椋��琶���Ｔ���淶芙鸌釉�汗淌爻淺兀�鬃月時�背齔峭猓�晃е糧呶渤牽��韙貿且資嗇壓ブ�疲�虢鸌映竅嗪粲Α５�司俜稚⒘吮�Γ�鸌映撬婧笤諉���娜�娼�ハ孿萋洌��旱仁鼐��空笸觥Ｆ咴率�������Я爍呶渤牽�饉賴摯刮迦蘸螅��呷眨���嘔鶘棧儷淺兀�牌��牽�示�背觥Ｃ���碩嗍浦冢�杆俳�鸌泳��Ъ咼穡���浞芰ω松保�找蛄�”簧保�劣杪淙朊��現�幀Ｐ≡鞝�【氨喚鸌郵系氖乃讕�袼�校�裨崍說芯�惱笸黿�俊�
敗報頻頻傳來，元親大吃